图书介绍
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- （美）Masatoshi Nei，（美）Sudhir Kumar著；吕宝忠等译 著
- 出版社： 北京：高等教育出版社
- ISBN：7040112043
- 出版时间：2002
- 标注页数：299页
- 文件大小：14MB
- 文件页数：309页
- 主题词：医用生物学
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图书目录
第一章 进化的分子基础1
1.1 生命的进化树1
1.2 进化机制2
1.3 基因的结构与功能3
1.4 DNA序列的突变7
1.5 密码子使用频率9
第二章 氨基酸序列的进化演变15
2.1 氨基酸差异和不同氨基酸的比例16
2.2 泊松校正(PC)和T距离18
2.3 自展法的方差和协方差22
2.4 氨基酸的替代矩阵24
2.5 突变率和替代率26
第三章 DNA序列的进化演度29
3.1 两个序列间的核苷酸差异29
3.2 核苷酸替代的估计31
3.3 T距离37
3.4 进化距离的数值估计39
3.5 核苷酸序列的对位排列39
3.6 进化距离估计中有关序列间隔的处理42
第四章 同义与非同义的核苷酸替代44
4.1 进化通径方法45
4.2 基于Kimura双参数模型的方法55
4.3 密码子3个不同位置的核苷酸替代60
4.4 用于密码子替代模型的似然法60
第五章 系统发育树64
5.1 系统发育树的种类65
5.2 拓扑差异72
5.3 构树方法73
6.1 UPGMA76
第六章 系统发育推断：距离法76
6.2 最小二乘（LS）法81
6.3 最小进化（ME）法87
6.4 邻接（NJ）法91
6.5 用于系统发育重建的距离测度98
第七章 系统发育推断：最大简约法100
7.1 寻找最大简约（MP）系统树101
7.2 MP树的搜索策略106
7.3 一致树113
7.4 分支长度的估计115
7.6 用于蛋白质数据的MP法116
7.5 加权简约法116
7.7 共享的遗传特征122
第八章 系统发育推断：最大似然法128
8.1 ML法的计算过程128
8.2 核苷酸替代模型133
8.3 蛋白质似然法139
8.4 ML方法的理论基础141
8.5 给定拓扑结构的参数估计142
第九章 系统树的精确性和统计检验144
9.1 最优原理和拓扑结构误差145
9.2 内部分支检验147
9.3 自展检验150
9.4 拓扑结构差异的检验153
9.5 不同构树方法的优缺点155
第十章 分子钟与线性树164
10.1 分子钟假说164
10.2 相对速率检验168
10.3 系统发育检验172
10.4 线性树178
第十一章 祖先核苷酸与氨基酸序列181
11.2 祖选序列推断：贝叶斯方法182
11.1 祖先序列推断：简约法182
11.3 祖先分支中的同义与非同义替代189
11.4 趋同进化和平行进化194
第十二章 遗传多态性和进化202
12.1 遗传多态性的进化意义202
12.2 等位基因频率数据的分析204
12.3 再分群体中的遗传变异207
12.4 多个基因座位的遗传变异214
12.5 DNA多态性218
12.6 检测自然选择的统计检验226
第十三章 用遗传标记构建群体树232
13.1 等位基因频率数据的遗传距离233
13.2 限制性酶的DNA序列分析241
13.3 PAPD数据分析250
第十四章 展望255
14.1 统计方法255
14.2 基因组计划256
14.3 分子生物学与进化258
参考文献259
附录295