图书介绍
鸟类分子进化与分子系统学PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载
- 李庆伟，马飞编著（辽宁师范大学） 著
- 出版社： 北京：科学出版社
- ISBN：7030168747
- 出版时间：2007
- 标注页数：257页
- 文件大小：18MB
- 文件页数：270页
- 主题词：鸟类－分子遗传学－研究
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图书目录
第1章 线粒体基因组的分子进化1
1.1 引言1
1.2 线粒体——远古的遗物1
1.3 脊椎动物的线粒体基因组2
1.4 鸟类线粒体基因组3
1.4.1 鸟类线粒体中的基因顺序3
1.4.2 鸟类线粒体基因组的其他特点6
1.5 基因组作为遗传标记进行系统发育分析的主要特点6
1.5.1 利用DNA序列信息进行系统发育分析的两种方法6
1.5.2 鸟类的姐妹分类单元：通过DNA序列和“基因组标记”的比较所获得的证据7
1.5.3 其他信息标记8
1.6 线粒体序列在线粒体和细胞核两基因组间的转移9
1.6.1 线粒体DNA的核同源物9
1.6.2 鸟类的Numt9
1.6.3 Numt是鸟类系统发育研究的一个挑战10
1.6.4 Numt提供的机会12
第2章 作为遗传标记的微卫星DNA13
2.1 引言13
2.2 技术概述13
2.2.1 建立大小可选的质粒基因组文库14
2.2.2 基因文库富集技术14
2.2.3 筛选微卫星克隆14
2.2.4 基因型15
2.2.5 微卫星DNA的突变15
2.3 应用范围15
2.3.1 基因之间15
2.3.2 个体之间15
2.3.3 种群之间16
2.3.4 物种之间16
2.3.5 属和更高分类单元之间17
2.3.6 时间范围17
2.4 数据分析时应注意的事项17
2.5 例证18
2.5.1 雄性长尾娇鹟间的伙伴关系18
2.5.2 灰海豹18
2.5.3 家羊和加拿大盘羊（大角羊）18
2.6 结论19
第3章 线粒体调控区序列的应用20
3.1 引言20
3.2 序列组成和进化20
3.2.1 调控区序列结构特点20
3.2.2 序列进化26
3.3 种群结构特点27
3.3.1 黑腹滨鹬的系统发育地理分布27
3.3.2 瓶颈效应及红腹滨鹬的种群扩张27
3.3.3 大西洋岛屿的苍头燕雀的移居路线28
3.3.4 加拿大雁的种内变异30
3.3.5 灰冠弯嘴鹛的系统地理分布31
3.3.6 阿德利企鹅和雪雁的谱系杂合31
3.4 在高阶元的分类32
第4章 线粒体Cyt b基因在系统发育中的应用34
4.1 引言34
4.1.1 从线粒体DNA推断鸟类的系统发育34
4.1.2 研究目的34
4.1.3 重建系统发育的DNA序列的特性35
4.2 材料和方法35
4.3 结果36
4.3.1 序列36
4.3.2 系统发育分析36
4.3.3 碱基组成38
4.3.4 序列比较39
4.3.5 转换和颠换的关系41
4.3.6 分类的分歧和颠换饱和之间的关系42
4.3.7 分类的分歧和氨基酸替换的关系43
4.3.8 实验研究需要的序列43
4.4 讨论43
4.4.1 在鸟类系统发育中的应用43
4.4.2 分子钟44
4.4.3 结论44
第5章 鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究46
5.1 引言46
5.2 雀科鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究46
5.2.1 材料和方法47
5.2.2 结果48
5.2.3 讨论53
5.3 猛禽类鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究55
5.3.1 材料与方法55
5.3.2 结果55
5.3.3 讨论59
第6章 平胸鸟类的系统发育61
6.1 引言61
6.2 材料和方法62
6.2.1 分类单元62
6.2.2 系统发育分析64
6.3 结果65
6.3.1 形态学分析65
6.3.2 序列分析65
6.3.3 从整体数据得到的结论66
6.4 讨论67
6.5 结论69
第7章 鹈形目鸟类的系统发育70
7.1 引言70
7.1.1 缺乏特征的鹈形目鸟类的问题71
7.1.2 鲸头鹳之谜72
7.2 方法72
7.2.1 数据及分析72
7.2.2 实验方法73
7.3 结果73
7.3.1 分子证据73
7.3.2 形态学和行为学证据74
7.4 讨论74
第8章 鹤形目鸟类12S rDNA的系统发育和进化76
8.1 引言76
8.1.1 研究的物种76
8.1.2 12S rDNA的遗传标记77
8.2 方法79
8.2.1 DNA序列数据79
8.2.2 系统发育重建81
8.3 系统发育的推断82
8.3.1 结论82
8.3.2 讨论86
8.4 分子进化87
8.4.1 序列分化87
8.4.2 12S rDNA进化动力学87
8.4.3 12S rDNA的特征进化91
8.5 12S rDNA进化对系统发育推断的提示92
8.6 总结93
第9章 鸻形目鸟类线粒体分子进化及系统发育研究94
9.1 引言94
9.2 鸻形目鸟类线粒体Cyt b基因和ND6基因分子进化及其系统发育研究94
9.2.1 材料和方法95
9.2.2 鸻形目鸟类线粒体DNA序列差异96
9.2.3 讨论100
9.3 鸻形目鸟类线粒体调控区序列差异及其系统进化的研究102
9.3.1 材料与方法102
9.3.2 结果104
9.3.3 讨论107
9.4 结论108
第10章 鸮形目鸟类线粒体序列测定与比较研究110
10.1 鸮形目两种鸟类线粒体全基因组序列测定与比较研究110
10.1.1 鸟类线粒体基因组研究回顾110
10.1.2 材料和方法112
10.1.3 结果113
10.1.4 猛禽类基因组比较115
10.1.5 讨论118
10.2 鸮形目四种鸟类线粒体调控区的序列测定与比较研究119
10.2.1 材料和方法119
10.2.2 结果120
10.2.3 猛禽类线粒体调控区比较123
10.2.4 讨论125
第11章 雀形目鸟类分子进化的研究130
11.1 雀形目鸟类线粒体DNA分子进化的研究130
11.1.1 鸟类线粒体结构130
11.1.2 雀形目鸟类线粒体分子进化研究概况131
11.2 雀形目鸟类基因组DNA分子进化的研究134
11.3 展望136
第12章 鸟类各目间与目内的系统发育关系138
12.1 引言138
12.2 方法139
12.2.1 研究的特征和类群139
12.2.2 系统发育分析141
12.3 结果与讨论144
12.3.1 雁形目（Anseriformes）和鸡形目（Galliformes）的系统发育位置144
12.3.2 今颚总目各目间的关系146
12.3.3 三趾鹑科、麝雉科、红鹳科的位置147
12.3.4 雀形目内部的关系148
12.3.5 雁形目和鸡形目的关系149
12.3.6 隼形目和鸮形目的关系149
12.4 结论152
第13章 鸟类线粒体假基因155
13.1 引言155
13.2 线粒体假基因是如何产生的155
13.3 Numt序列的特点156
13.4 Numt序列给mtDNA应用带来的负面影响157
13.4.1 人类线粒体病理学方面159
13.4.2 法医物证鉴定方面159
13.4.3 Numt序列对以mtDNA为基础的脊椎动物系统发育分析的影响159
13.5 Numt序列的避免160
13.6 如何识别Numt序列161
13.7 Numt序列的研究前景与展望164
13.7.1 Numt序列是细胞核内外两套遗传物质研究的桥梁164
13.7.2 Numt序列为物种系统发育学研究提供了新方法164
13.8 关于鸻形目和鸡形目鸟类假基因的研究165
13.8.1 鸻形目鸟类线粒体ATP8/6基因及其Numt的研究结果165
13.8.2 鸡形目鸟类线粒体ATP8/6基因及其Numt的研究结果169
13.8.3 Numt的特点和适用性174
第14章 鸟类分子进化的研究方法和研究材料178
14.1 引言178
14.1.1 分子进化产生的基础178
14.1.2 进化机制179
14.1.3 研究分子进化的意义179
14.2 研究分子进化的常用方法179
14.2.1 DNA-DNA杂交法179
14.2.2 核DNA标记法180
14.2.3 聚合酶链反应（PCR）技术181
14.2.4 DNA指纹技术184
14.2.5 rDNA分析方法191
14.2.6 核酸序列分析方法192
14.2.7 蛋白质分析方法194
14.2.8 免疫学方法196
14.3 鸟类分子进化的研究材料198
14.3.1 以线粒体为研究材料198
14.3.2 以总DNA为研究材料199
14.3.3 以染色体为研究材料200
14.4 展望200
第15章 鸟类线粒体DNA限制性片段长度多态性研究201
15.1 引言201
15.2 方法201
15.3 结果202
15.3.1 鸮形目鸟类的研究202
15.3.2 隼形目鸟类的研究206
15.3.3 雀形目鸟类的研究208
15.4 讨论217
15.4.1 线粒体基因组的大小217
15.4.2 mtDNA种间变异和种内多态的遗传基础219
15.4.3 鸟类mtDNA的进化速率220
15.5 RFLP在鸟类分子进化中的应用221
15.6 对鸟类RFLP研究工作的展望222
第16章 鸟类分子进化研究相关的Internet资源224
16.1 引言224
16.2 NCBI的鸟类资源224
16.2.1 GenBank中鸟类资源收录情况224
16.2.2 鸟类基因组研究常用数据库整理224
16.3 鸟类的模式生物及其资源230
16.4 鸟类的其他数据库资源233
16.5 其他基因组研究常用数据库233
16.6 总结234
第17章 分子进化研究常用的生物信息学技术235
17.1 引言235
17.2 数据挖掘与整理235
17.2.1 生物信息数据库查询235
17.2.2 相似性搜索236
17.3 常用分析软件237
17.3.1 实验阶段常用软件237
17.3.2 进化树相关的软件239
17.3.3 其他常用软件240
17.4 小结240
主要参考文献241