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第一章 人类历史上的疫病事件1

1 传染病及其病原体简介1

2 人类历史上的疫病事件及其历史性影响2

2.1 第一阶段流行的瘟疫（公元前5世纪到19世纪中期）2

2.2 第二阶段流行的瘟疫（自19世纪末至20世纪初）4

2.3 第三阶段流行的瘟疫（20世纪中期至21世纪初）4

3 近三十年来世界上发生的主要疫病及其特点5

4 建国后我国如何成功地消灭一些肆虐多年的传染病7

5 影响人类传染病暴发和流行的因素8

5.1 人类自身的变化8

5.2 科学技术的进步9

5.3 自然环境的变化10

5.4 微生物的变化10

5.5 公共卫生干预措施的崩溃11

参考文献11

第二章 SARS的定义、暴发与流行15

1 SARS的定义15

1.1 呼吸道传染病15

1.2 肺炎15

1.3 典型肺炎和非典型肺炎15

1.4 SARS的由来17

1.5 SARS的临床特征17

1.6 WHO建议的SARS病例定义（2003年5月1日修正发布）［3］18

2 世界多国的SARS暴发19

2.1 SARS暴发的概况19

2.2 中国内地21

2.3 其他国家和地区24

3 SARS的流行病学27

3.1 传染源27

3.2 传播途径27

3.3 流行特征27

3.4 病死率28

3.5 人群易感性28

3.6 影响因素28

参考文献28

第三章 SARS的病理特征30

1 概述30

2 SARS的组织病理学特点30

2.1 肺脏30

2.2 淋巴结31

2.3 脾脏31

2.4 心脏32

2.5 肝脏32

2.6 肾脏32

2.7 肾上腺32

2.8 胃肠道32

3 SARS病毒感染的细胞病理学特点32

4 SARS的超微结构改变33

4.1 SARS病毒的形态特征及组织分布33

4.2 感染病毒的细胞的超微结构改变35

4.3 SARS病人主要脏器的超微结构改变35

5 SARS免疫组织化学研究35

6 SARS的病理机制36

7 小结36

参考文献36

第四章 SARS病原体的分离与鉴定39

1 研究进展39

1.1 SARS病原体的确认39

1.2 SARS病毒基因组解码进展42

2 研究人员分离并鉴定病原体43

2.1 国际实验室网络的研究结果44

2.2 中国48

3 WHO宣布SARS-CoV为SARS的病原体49

4 联合研究带来的启示50

4.1 寻找SARS病原体的过程中产生了诊断用技术方法50

4.2 寻找病原体的研究模式为未来研究提供了经验50

参考文献50

第五章 SARS冠状病毒的基因组及其编码产物52

1 SARS冠状病毒基因组测序进展52

2 SARS冠状病毒的基因组52

2.1 冠状病毒基因组的结构52

2.2 SARS-CoV的基因组结构56

3 SARS冠状病毒基因组的编码产物59

3.1 冠状病毒编码的蛋白60

3.2 SARS-CoV基因组编码的蛋白61

4 SARS-CoV BJ01的基因预测65

4.1 基因预测方法65

4.2 SARS-CoV BJ01基因预测结果65

参考文献70

第六章 冠状病毒的分类与特征72

1 概述72

2 冠状病毒属的血清型分类73

3 冠状病毒的结构蛋白75

3.1 N蛋白75

3.2 M蛋白（又称E1）75

3.3 E蛋白（又称sM）76

3.4 S蛋白（又称E2）76

3.5 HE蛋白（又称E3）77

4 冠状病毒的基因组78

4.1 冠状病毒的基因组78

4.2 冠状病毒基因组的复制78

4.3 冠状病毒的亚基因组mRNA(subgenomic mRNAs, sgmRNA)79

4.4 冠状病毒亚基因组mRNA的产生机制80

5 冠状病毒颗粒的装配82

6 冠状病毒引起人类疾病的主要临床表现83

参考文献84

第七章 冠状病毒的演变与进化86

1概述86

1.1 RNA病毒进化的基本概念［2］87

1.2 RNA病毒的重组［3］89

1.3 病毒和宿主的协同进化90

1.4 新病毒的产生与演化92

2 冠状病毒种间进化93

2.1 冠状病毒种间基因组比较93

2.2 基因的进化速度及变异速率比较95

2.3 冠状病毒的系统发育分析96

2.4 HE蛋白的进化99

2.5 s2m系统发育分析99

2.6 SARS-CoV进化的其他特征101

3 SARS病毒的种内进化103

3.1 基因组多态性分析104

3.2 种内系统发育分析及传染关系112

4 SARS病毒的可能来源、演变与“归宿”114

参考文献116

第八章 冠状病毒与宿主的相互作用及致病机制119

1 冠状病毒的蛋白119

1.1 结构蛋白119

1.2 非结构蛋白120

2 冠状病毒与宿主相互作用中的S蛋白120

3 冠状病毒的细胞受体122

3.1 冠状病毒受体决定宿主范围122

3.2 S蛋白与病毒趋向性改变124

4 禽流感病毒宿主改变对于SARS-CoV研究的启示125

4.1 禽流感病毒的宿主改变125

4.2 禽流感病毒宿主改变对SARS-CoV研究的启示126

5 冠状病毒S蛋白受体结合域分析与SARS-CoV受体预测126

5.1 冠状病毒S蛋白受体结合域126

5.2 SARS-CoV受体预测127

5.3 SARS-CoV受体与流感病毒A、B、C受体的关系128

5.4 SARS-CoV受体思考129

6 冠状病毒的致病机制130

6.1 冠状病毒致病性一般情况130

6.2 冠状病毒对细胞的致病作用130

6.3 冠状病毒对机体的致病作用130

6.4 SARS-CoV致病机制预测131

参考文献131

第九章 SARS的检测与诊断137

1 SARS病人样本的采集和处理137

1.1 SARS病人样本的采集138

1.2 SARS标本的运输139

1.3 SARS标本处理的生物安全性问题139

2 SARS检测诊断的主要方法142

2.1 免疫学检测技术142

2.2 分子生物学检测技术（PCR）143

2.3 病毒的细胞培养与分离144

3 SARS检测技术最新进展145

3.1 免疫学检测技术145

3.2 SARS病原PCR检测技术147

4 荧光定量PCR技术及其在SARS病毒检测中的应用149

4.1 荧光定量PCR技术的发展现状149

4.2 荧光定量PCR技术在SARS病毒检测中的应用152

5 SARS冠状病毒检测基因芯片153

参考文献154

第十章 SARS冠状病毒的免疫原性及其免疫预防156

1 冠状病毒的免疫原性156

2 TGEV疫苗研究157

2.1 灭活疫苗与减毒疫苗158

2.2 使用沙门氏菌载体158

2.3 与大肠杆菌热不稳定性肠毒素（LT）融合158

2.4 与产毒性大肠杆菌鞭毛融合158

2.5 其他表达系统158

3 SARS冠状病毒免疫原性的证据和分析159

3.1 SARS冠状病毒免疫原性的现有证据159

3.2 SARS冠状病毒的交叉免疫原性160

3.3 SARS冠状病毒免疫原性的检测与分析160

3.4 SARS冠状病毒诱导自身抗原的可能性161

4 SARS的主动性免疫预防——疫苗162

4.1 SARS冠状病毒的全病毒灭活疫苗162

4.2 SARS冠状病毒的基因工程疫苗163

4.3 SARS冠状病毒的多肽合成疫苗164

4.4 SARS冠状病毒的核酸疫苗164

5 SARS的被动性免疫预防——中和性抗体165

5.1 大动物抗血清165

5.2 小鼠单克隆抗体165

5.3 人源（化）中和性单克隆抗体166

6 小结166

参考文献167

第十一章 SARS的治疗172

1 病情监测172

1.1 一般情况下的监测172

1.2 呼吸监测172

1.3 MODS的监测173

2一般治疗174

3对症治疗174

4 激素治疗174

4.1 SARS应用糖皮质激素的机制174

4.2 应用指征176

4.3 应用的禁忌症176

4.4 应用方法和疗程176

4.5 应用激素的注意事项177

5 抗病毒治疗177

5.1 利巴韦林177

5.2 奥司他韦（达菲）178

5.3 干扰素178

6 预防和治疗继发细菌感染178

6.1 喹诺酮类179

6.2 新的大环内酯类药物180

7 免疫治疗181

7.1 特异性免疫治疗181

7.2 非特异性免疫治疗181

8 辅助呼吸治疗181

9 MODS治疗182

10 心理治疗182

11 中药治疗183

12 儿童SARS的治疗183

参考文献184

第十二章 人类传染性疾病的遗传易感性185

1 概述185

2 传染性疾病遗传易感性研究的意义187

3 引起严重免疫缺陷的单基因异常188

4 常见传染性疾病的遗传易感性189

4.1 结核病189

4.2 疟疾192

4.3 艾滋病194

4.4 乙型肝炎195

5 SARS遗传易感性研究的可行性195

6 传染性疾病遗传易感性的研究策略与方法196

6.1 遗传流行病学方法196

6.2 遗传标记的选择201

6.3 SNP分型技术202

7 结语203

参考文献205

附录1 SARS大事记213

附录2 SARS领域的重要网站与国际协作网224

1 世界卫生组织（WHO）及全球主要疫区政府部门的疫情通告224

2 SARS研究国际合作网224

3 SARS概述225

4 SARS防治的组织机构226

5 SARS临床治疗229

6 SARS相关病毒及病毒学网上资源229

7 SARS相关学术期刊230

8 SARS专题文献汇编231

9 SARS新闻报道233