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计算分子生物学导论
  • （巴西）J.塞图宝（Joao Setubal），（巴西）J.梅丹尼斯（Joao Meidanis） 朱浩等译 著
  • 出版社： 北京：科学出版社
  • ISBN：7030114930
  • 出版时间：2003
  • 标注页数：228页
  • 文件大小：17MB
  • 文件页数：241页
  • 主题词：分子生物学－计算方法

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图书目录

目 录1

译者序1

第1章分子生物学的基本概念1

1.1生命1

1.2蛋白质2

前言3

全书概述4

1.3核酸4

1.3.1 DNA4

习题5

错误5

致谢6

1.3.2 RNA6

1.4分子遗传学机制6

1.4.1基因和遗传密码7

1.4.2转录、翻译和蛋白质合成8

1.4.3无用DNA和读框9

1.4.4染色体10

1.4.5基因组类似计算机程序？11

1.5基因组是如何被研究的11

1.5.1图谱和序列11

1.5.2特殊技术13

1.6人类基因组计划16

1.7序列数据库17

文献提要23

习题23

第2章串、图和算法24

2.1 串24

2.2 图25

2.3算法28

习题32

文献提要33

第3章序列比较与数据库搜索34

3.1生物学背景34

3.2.1全局比较—基本算法35

3.2比较两个序列35

3.2.2局部比较40

3.2.3半全局比较41

3.3基本算法的扩展42

3.3.1空间节省42

3.3.2一般空隙罚分函数45

3.3.3仿射空隙罚分函数47

3.3.4比较相似序列49

3.4比较多个序列52

3.4.1 SP度量52

3.4.2星比对58

3.4.3树比对59

3.5数据库搜索60

3.5.1 PAM矩阵60

3.5.2 BLAST63

3.5.3 FAST65

*3.6.1相似性与距离67

3.6其他问题67

3.6.2序列比较中的参数选择72

3.6.3串匹配和确切序列比较74

小结75

习题76

文献提要77

第4章DNA片段组装80

4.1生物学背景80

4.1.2复杂情形81

4.1.1理想情形81

4.1.3 DNA测序的其他方法86

4.2模型87

4.2.1最短公共超串87

4.2.2重构88

4.2.3多连叠89

*4.3算法91

4.3.1交叠的表示91

4.3.2通路产生超串91

4.3.3作为通路的最短超串93

4.3.4贪婪算法95

4.3.5无环子图96

4.4启发式100

4.4.1发现交叠102

4.4.2排序片段103

4.4.3比对与表决104

小结106

习题106

文献提要107

5.1生物学背景109

第5章DNA物理作图109

5.1.1 限制位点作图110

5.1.2杂交作图111

5.2模型112

5.2.1限制位点模型112

5.2.2区间图模型113

5.2.3连续1特性115

5.2.4算法启示115

5.3一个C1P问题的算法116

5.4带错杂交作图的一种近似122

5.4.1一个图模型123

5.4.2一个保证124

5.4.3实际计算126

5.5杂交作图的启发式128

5.5.1筛选嵌合克隆128

5.5.2获得一个好的探针次序129

习题130

小结130

文献提要132

第6章种系发生树133

6.1性状状态和完全种系发生问题135

6.2二值性状状态138

6.3两个性状141

6.4种系树的简约性和相容性144

6.5距离矩阵算法146

6.5.1重构可加树146

*6.5.2重构超度量树149

6.6种系树之间的一致155

小结158

习题159

文献提要160

第7章基因组重排163

7.1生物学背景163

7.2有向块165

7.2.1若干定义166

7.2.2断点167

7.2.3现实与期望图式168

7.2.4交叉图172

7.2.5坏组分175

7.2.6算法176

7.3无向块178

7.3.1条179

7.3.2算法181

习题182

小结182

文献提要183

第8章分子结构预测185

8.1 RNA二级结构预测185

8.2蛋白质折叠问题190

8.3蛋白质比配191

习题195

文献提要195

小结195

第9章结语：DNA计算197

9.1哈密顿通路问题197

9.2可满足性199

9.3问题与展望202

习题202

文献提要203

习题选解204

参考文献209

索引220

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