图书介绍
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- 赵国屏等编著 著
- 出版社： 北京：科学出版社
- ISBN：7030098951
- 出版时间：2002
- 标注页数：189页
- 文件大小：21MB
- 文件页数：205页
- 主题词：
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图书目录
丛书序Ⅰ1
丛书序Ⅱ1
前言1
第一章 生物信息学：导论1
一、什么是生物信息学?1
二、生物信息学的研究现状与发展趋势4
三、生物信息学的生物学内涵6
(一)基因与基因组的信息学7
(二)基因表达的信息学：大规模基因功能表达谱的分析20
(三)生物大分子的三维结构信息：蛋白质结构模拟与分子设计21
(四)代射和疾病发生途径的信息22
四、生物信息学的信息学内涵23
(一)生物信息数据库23
(二)分析工具的发展26
五、生物信息学的应用与发展研究26
(一)与疾病相关的基因信息及相关算法的软件开发26
(二)建立与动、植物良种繁育相关的基因组数据库，发展分子标记辅助育种技术27
(三)研究与发展药物设计软件和基于生物信息的分子的生物学技术27
(一)实验生物学家和计算生物学家28
六、生物信息学研究和发展中的交叉学科与大科学特点28
(二)三种科学文化的融合29
(三)跨越整个生命科学的大科学29
第二章 分子生物信息数据库33
一、分子生物信息数据库简介33
(一)基因组计划和数据库33
(二)分子生物信息数据库种类37
二、基因组数据库41
(二)AceDB42
(一)GDB42
三、序列数据库43
(一)核酸序列数据库43
(二)EMBI、和GenBank数据库格式44
(三)常用蛋白质序列数据库50
(四)其他蛋白质序列数据库56
四、结构数据库57
(一)蛋白质结构数据库PDB58
(二)蛋白质结构分类数据库SCOP和CATH64
五、二次数据库66
(一)基因组信息二次数据库66
(二)蛋白质序列二次数据库68
(三)蛋白质结构二次数据库71
第三章 数据库查询和数据库搜索75
一、简介75
二、数据库查询系统Entrez75
(一)Entrez系统使用方法76
(二)Entrez系统的特点80
三、数据库查询系统SRS80
(一)SRS系统使用方法81
(二)SRS系统的特点84
四、数据库搜索简介85
(一)核苷酸碱基和氨基酸残基代码表85
(二)相似性和同源性86
(三)局部相似性和整体相似性87
(四)相似性计分矩阵88
五、数据库搜索工具BLAST89
(一)程序简介89
(二)BLAST程序运行实例92
一、简介93
二、相似序列的获得93
第四章 序列的同源比较及分子系统学和分子进化分析93
(一)BLAST94
(二)与BLAST相关的一些知识97
(三)获得同源序列的其他方法99
三、多序列比对101
四、系统发育分析104
(一)系统树的构建方法105
(二)常用的系统树构建程序107
(三)一些需要注意的问题111
(四)COG数据库111
五、其他分子标记在生物系统学中的应用112
(一)RFLP(restriction fragment length polymorphism)标记113
(二)PCR扩增片段长度的多样性113
(三)SNP标记114
(四)同工酶115
第五章 生物信息学与基因芯片118
一、概述118
(一)基因芯片简介118
(二)基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义121
(三)基因芯片研究和应用中所涉及到的生物信息学问题123
(一)基因芯片设计的一般性原则124
二、基因芯片设计及优化124
(二)DNA变异检测型芯片与基因表达型芯片的设计126
(三)cDNA芯片与寡核苷酸芯片的设计126
(四)寡核苷酸探针的优化设计127
(五)基因芯片的优化129
三、基于芯片的序列分析129
(一)测定未知序列129
(二)直接检测目标序列130
(三)DNA序列突变检测分析130
(四)SNP分析131
四、基于芯片的基因功能分析133
(一)基因表达分析133
(二)高密度基因表达芯片133
(三)基因表达图谱134
(四)寻找基因功能135
五、基因芯片检测结果的分析135
(一)荧光检测图像处理135
六、基因芯片信息的管理和利用136
(一)基因芯片信息管理136
(二)检测结果分析136
(三)检测结果可靠性分析136
(二)数据集成和交叉索引137
(三)数据的可比性和归一化问题138
(四)基因芯片信息的利用138
七、基于基因芯片的数据挖掘及可视化138
(一)数据挖掘138
(二)基因芯片的多元数据结构139
(三)数据相似程度的量化与距离矩阵140
(四)聚类分析140
(六)基因芯片数据的可视化和与数据库的链接143
(五)聚类分析结果的树图表示143
八、基因转录调控网络分析144
(一)布尔网络模型144
(二)线性组合模型145
(三)加权矩阵模型145
(四)互信息关联网络146
第六章 蛋白质结构预测的原理与方法149
一、引言149
二、影响蛋白质折叠的因素150
(二)周期性的二级结构151
(一)有关氨基酸残基的信息151
三、蛋白质结构分析及蛋白质结构数据库151
(三)非同期性的二级结构152
(四)残基间的相互作用及埋藏152
(五)超二级结核152
(六)蛋白质结构数据库152
(七)蛋白质结构域的折叠模式与蛋白质结构分类数据库153
(八)蛋白质的进化157
(三)GOR方法158
(二)Chou－Fasman方法158
(一)二级结构预测概况158
四、二级结构预测158
(四)最近邻居方法159
(五)神经网络方法159
(六)基于多重序列比对的二级结构预测159
(七)二级结构预测的准确度159
(八)二级结构在线预测(online prediction)160
五、三级结构预测160
(一)同源蛋白质结构预测160
(二)蛋白质折叠类型识别161
(三)蛋白质结构从头预测164
六、蛋白质结构预测发展趋势165
第七章 生物信息与药物设计168
一、当代生物医药研究所面临的困难168
二、现代生物学给生物医药带来的发展契机168
三、基因组学、蛋白质组学和生物信息学在药物研究中的应用169
(一)选择药物作用靶标的标准170
(二)候选药物作用靶标的发现171
(三)靶标有效性的验证174
(四)药物作用机制的研究175
(五)药物的药代动力学及毒理性质的研究176
四、计算机辅助药物设计177
(一)间接药物设计177
(二)直接药物设计178
(三)药物设计实例179
五、未来药物研究方法展望184
(一)人类基因组和生物信息学的发展,将为药物设计研究开辟更广阔的空间184
(二)超级计算机的发展将为复杂生物体系的理论计算和药物设计创造有利的条件184
(三)计算机辅助药物设计与组合化学技术相结合将显示巨大威力185
(四)基于结构的药物设计将向基于作用机制的药物设计方向发展185