图书介绍
医学遗传统计分析与SAS应用PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载
- 胡良平主编 著
- 出版社： 北京：人民卫生出版社
- ISBN：9787117139045
- 出版时间：2011
- 标注页数：259页
- 文件大小：42MB
- 文件页数：280页
- 主题词：医学遗传学－医学统计－统计分析－应用软件，SAS
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图书目录
第1篇 医学遗传统计实例分析与SAS实现3
第1章 医学遗传资料数据结构与分析方法选择3
1.1 一般人群实验研究的数据结构3
1.1.1 位点基因型数据结构3
1.1.2 一般人群病例-对照研究单个位点基因型数据结构4
1.1.3 一般人群病例-对照研究多个位点基因型数据结构5
1.2 家系实验研究数据结构6
1.2.1 家系病例-对照研究数据结构6
1.2.2 单个家系研究的数据结构7
1.3 基因芯片数据结构8
1.4 物种遗传关系确定分析的数据结构9
1.5 小结9
第2章 Hardy-Weinberg平衡定律验证的SAS实现10
2.1 验证哈代-温伯格平衡定律是否成立的实例计算与SAS实现10
2.2 小结18
第3章 病例-对照研究关联分析的SAS实现19
3.1 一般人群作病例-对照研究关联分析的SAS实现19
3.1.1 χ2检验与Armitage检验的实例分析与SAS实现19
3.1.2 高维表资料CMHχ2检验、CMH校正的秩和检验的SAS实现26
3.1.3 高维表资料对数线性模型分析的SAS实现28
3.1.4 Logistic回归分析的SAS实现30
3.2 家系病例-对照研究关联分析的SAS实现36
3.3 小结41
第4章 遗传分析结果校正和输出的SAS实现43
4.1 遗传分析结果校正的实例分析与SAS实现43
4.2 结果图形输出的SAS实现48
4.3 小结50
第5章 连锁不平衡与单体型分析的SAS实现51
5.1 单体型频率估计与连锁不平衡分析的SAS实现51
5.1.1 两位点估计的实例分析与所对应的SAS实现51
5.1.2 多位点估计实例分析与所对应的SAS实现55
5.2 多位点基因型与疾病关联研究实例分析与SAS实现57
5.3 标签SNP的确认实例分析与SAS实现61
5.4 单体型与疾病关联的回归分析与SAS实现64
5.5 小结68
第6章 近交系数和亲缘系数估算的SAS实现69
6.1 通过实例展示近交系数和亲缘系数的估算方法69
6.2 小结74
第7章 遗传资料连锁分析的SAS实现75
7.1 三代家系两位点连锁分析的SAS实现75
7.2 多位点连锁分析及遗传图谱构建的SAS实现78
7.3 小结88
第8章 基因芯片数据分析的SAS实现89
8.1 数据来源、数据结构与分析流程89
8.2 差异表达基因的筛选90
8.3 样品聚类分析方法91
8.4 判别分析94
8.5 变量聚类分析100
8.6 主成分分析105
8.7 基因调控网络分析107
8.8 小结112
第9章 物种遗传关系确定分析的SAS实现113
9.1 通过实例展示如何用SAS实现物种遗传关系确定的分析113
9.2 小结117
第10章 SAS/Genetics模块概述118
10.1 GENETICS模块简介118
10.1.1 ALLELE、HAPLOTYPE和HTSNP过程简介118
10.1.2 CASECONTROL和FAMILY过程简介118
10.1.3 INBREED过程简介119
10.1.4 PSMOOTH过程和％TPLOT自定义宏函数简介119
10.2 ALLELE、HAPLOTYPE和HTSNP过程的语法结构及用法简介119
10.2.1 数据格式119
10.2.2 ALLELE过程的语法结构及用法简介121
10.2.3 HAPLOTYPE过程的语法结构及用法简介126
10.2.4 HTSNP过程的语法结构及用法简介128
10.3 CASECONTROL和FAMILY过程的语法结构及用法简介130
10.3.1 CASECONTROL过程的语法结构及用法简介130
10.3.2 FAMILY过程的语法结构及用法简介131
10.4 INBREED过程的语法结构及用法简介134
10.5 PSMOOTH过程的语法结构和％TPLOT自定义宏函数简介136
10.5.1 平滑处理和多重检验校正136
10.5.2 PSMOOTH过程的语法结构及用法简介136
10.5.3 ％TPLOT自定义宏函数简介138
第2篇 简明遗传学基本概念与原理143
第11章 遗传学基本概念143
11.1 染色体143
11.2 基因144
11.2.1 基因的概念144
11.2.2 等位基因145
11.2.3 复等位基因146
11.2.4 致死基因147
11.2.5 非等位基因147
11.3 细胞分裂148
11.3.1 有丝分裂148
11.3.2 减数分裂150
11.4 突变152
11.4.1 染色体突变152
11.4.2 基因突变155
11.5 小结157
第12章 孟德尔遗传原理与遗传病158
12.1 孟德尔遗传定律158
12.1.1 分离定律（law of segregation）158
12.1.2 自由组合定律（law of independence assortment）161
12.2 摩尔根的遗传连锁定律162
12.3 单基因常染色体遗传病164
12.3.1 常染色体显性遗传病164
12.3.2 常染色体隐性遗传病166
12.4 伴性遗传167
12.4.1 X连锁遗传病168
12.4.2 Y连锁遗传病169
12.5 多基因病169
12.6 小结170
第13章 群体遗传学的基本原理171
13.1 哈代-温伯格平衡定律171
13.1.1 哈代-温伯格平衡定律的原理与证明171
13.1.2 拟合优度检验174
13.2 连锁不平衡及单体型的概念与原理174
13.2.1 连锁不平衡的概念174
13.2.2 连锁不平衡公式的推导175
13.2.3 产生连锁不平衡的原因180
13.2.4 单体型的定义181
13.3 小结181
第3篇 医学遗传统计分析的计算原理185
第14章 病例-对照研究设计资料的计算原理185
14.1 一般人群作对照研究的方法与计算原理185
14.1.1 二维表资料χ2检验与Armitage检验185
14.1.2 高维表资料CMHχ2检验、CMH校正的秩和检验的方法与计算原理187
14.1.3 高维表资料对数线性模型方法概述189
14.1.4 logistic回归分析方法与计算原理190
14.2 家系病例-对照研究方法与计算原理193
14.2.1 父母亲作对照的关联分析原理介绍193
14.2.2 同胞作对照的关联分析原理介绍194
14.3 小结196
第15章 遗传结果校正的计算原理197
15.1 平滑法197
15.1.1 Simes法197
15.1.2 Fisher法198
15.1.3 TPM法198
15.2 多重比较P值的校正198
15.3 小结198
第16章 连锁不平衡与单体型分析方法的计算原理200
16.1 单体型频率估计与连锁不平衡分析的假设检验200
16.1.1 最大似然法估计单体型概率200
16.1.2 E-M算法估计单体型概率及对连锁不平衡进行假设检验201
16.2 多位点基因型与疾病关联分析的计算原理202
16.3 标签SNP确认的计算原理202
16.4 单体型与疾病关联的logistic回归分析的计算原理203
16.5 小结&..203
第17章 近交系数和亲缘系数的计算原理204
17.1 近交的概念与计算方法204
17.1.1 一般算法204
17.1.2 通径分析205
17.1.3 X连锁基因近交系数的计算205
17.2 亲缘系数的概念与其计算方法206
17.2.1 父与子206
17.2.2 祖父与孙子206
17.2.3 同胞206
17.2.4 半同胞206
17.2.5 叔侄207
17.2.6 堂（表）亲207
17.2.7 从堂（表）亲207
17.3 小结207
第18章 遗传资料连锁分析的计算原理209
18.1 三代家系回交实验的连锁分析的计算原理209
18.1.1 重组率直接计算方法介绍209
18.1.2 贝叶斯方法与蒙特卡洛模拟法估计重组率原理介绍210
18.2 两代家系两位点的连锁分析的计算原理211
18.2.1 最大似然法估计重组率与LOD记分法211
18.2.2 根据子代基因型估计重组率213
18.2.3 根据子代表型估计重组率222
18.3 三位点连锁分析的计算原理223
18.4 连锁分析的特点与局限性224
18.5 小结225
第19章 基因芯片数据分析方法与计算原理226
19.1 基因表达谱的概念226
19.1.1 基因芯片226
19.1.2 基因表达图谱与空间226
19.1.3 基因表达数据的标准化228
19.2 样品聚类分析方法230
19.2.1 距离的定义230
19.2.2 样品聚类分析原理与方法概述231
19.2.3 样品聚类分析的SAS实现——CLUSTER过程233
19.3 判别分析234
19.3.1 判别分析方法的种类235
19.3.2 判别准则237
19.4 变量聚类分析239
19.4.1 变量聚类分析中相似系数的定义239
19.4.2 变量聚类分析方法的概述240
19.4.3 变量聚类分析的SAS实现——VARCLUS过程241
19.5 主成分分析243
19.5.1 主成分分析方法与原理243
19.5.2 主成分分析的SAS实现——PRINCOMP过程246
19.6 基因调控网络分析249
19.7 小结249
第20章 物种遗传关系确定分析的计算原理251
20.1 分子标记技术的应用与基本原理251
20.2 相似系数与距离的计算252
20.2.1 根据Nei公式计算相似系数和遗传距离252
20.2.2 计算Jaccard系数与距离252
20.3 小结252
附录1 胡良平统计学专著及配套软件简介254
附录2 χ2分布临界值表258