蛋白质分析与数学 生物、医学与医药卫生中的定量化研究 下PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

蛋白质分析与数学 生物、医学与医药卫生中的定量化研究 下PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

第四部分 蛋白质的空间形态分析531

第16章 空间形态分析概论与数学预备知识531

16.1 蛋白质空间形态结构分析概述531

16.1.1 蛋白质空间形态结构分析的主要途径531

16.1.2 蛋白质空间结构的指标类型532

16.1.3 蛋白质空间结构形态的实例分析535

16.2 形态分析的指标体系536

16.2.1 蛋白质形态描述的总体指标536

16.2.2 蛋白质内部与表面形态特征的指标540

16.2.3 蛋白质内部其他特征指标541

16.3 一些数学知识的补充与介绍543

16.3.1 集合与拓扑空间543

16.3.2 平面多边形与空间多面体545

16.3.3 空间质点系与多面体547

16.3.4 超图与晶格548

第17章 蛋白质空间形态的相似性分析552

17.1 形态的相似性问题552

17.1.1 形态的相似性的几种不同的度量指标552

17.1.2 序列比对算法554

17.2 蛋白质空间形态的比对556

17.2.1 三角形拼接带参数序列的比对557

17.2.2 离散化的蛋白质序列比对558

17.2.3 对长度在300 AA左右的蛋白质的总体相似性分析560

17.2.4 内部结构的相似性的比对结果与分析562

17.2.5 长短蛋白质的比对与定位567

17.3 其他实例计算569

17.3.1 离散情形下的实例计算569

17.3.2 同源蛋白质族的实例比对计算570

17.3.3 其他同源蛋白质的实例比对计算575

17.3.4 连续情形下的实例计算575

第18章 空间质点系的深度理论579

18.1 深度的一般理论579

18.1.1 深度的几种不同定义579

18.1.2 T－深度与L－深度的定义与概念580

18.1.3 T－深度计算的基本定理582

18.1.4 T－深度的其他性质583

18.2 L－深度与层次函数584

18.2.1 L1－深度的性质与推广584

18.2.2 一些简单图形的L1－深度，L2－深度计算586

18.2.3 质点系中的层次函数的定义与性质591

18.2.4 密度分布的定义593

18.3 深度函数的计算结果与分析595

18.3.1 深度的计算结果595

18.3.2 T－深度与L1－深度的关系分析596

18.3.3 氨基酸深度的倾向性因子计算597

18.3.4 深度倾向性因子的其他分析600

18.3.5 氨基酸序列在蛋白质中的深度预测603

18.3.6 层次函数的计算分析604

18.4 利用L－深度与密度分布对一些特殊形态的蛋白质作结构分析606

18.4.1 一些具有特殊形态蛋白质的数据结构606

18.4.2 图形文件与特征分析609

18.4.3 有关内部结构的计算分析612

18.4.4 利用分布密度来说明蛋白质的形态结构特征614

第19章 空间质点系形态分析的几种基本计算法620

19.1 凸闭包与凸壳620

19.1.1 凸闭包与凸壳的计算620

19.1.2 凸壳的拼接计算622

19.1.3 对PDB2D42蛋白质的初步分析623

19.1.4 边界三角形的拼接计算626

19.1.5 1GVM蛋白质的计算629

19.2 小球滚动法630

19.2.1 空球的定义与分类630

19.2.2 空球网络结构图633

19.2.3 空球网络结构的实际计算问题635

19.3 多面体收缩法638

19.3.1 多面体结构性质的补充性质638

19.3.2 多面体收缩法的原理与性质640

19.3.3 多面体的收缩算法641

19.3.4 小球滚动法与多面体收缩法的图表示642

19.4 实例计算与分析643

19.4.1 对2D42蛋白质的第一步小球滚动计算643

19.4.2 多面体收缩计算646

19.4.3 对1GVM蛋白质的计算与分析649

19.4.4 空球网络结构图的分析653

19.4.5 空球网络结构图的结构分析655

19.4.6 其他实例计算658

第20章 空间质点系的多面体拟合理论660

20.1 多面体的拟合问题660

20.1.1 多面体拟合的目的与要求660

20.1.2 多面体拟合的类型与条件662

20.1.3 多面体空间结构特征的分析664

20.1.4 多面体的拟合计算方法666

20.2 拟合多面体的凹凸结构性质的分析与讨论668

20.2.1 凹凸深度的指标定义与分析668

20.2.2 不同结构域的聚类计算670

20.3 拟合多面体的分解与组合分析法672

20.3.1 空间质点系的分解与组合672

20.3.2 不同结构域的交叉重叠区673

20.3.3 对2D42蛋白质的初步计算674

20.3.4 2D42蛋白质的活动坐标系计算与分析675

20.4 对2D42蛋白质结构域的多面体收缩计算677

20.4.1 多面体的收缩计算677

20.4.2 对2D42蛋白质结构域的T－深度切割计算680

20.4.3 对1GVM蛋白质结构域的分解与组合计算683

20.5 拟合多面体的动力学分析689

20.5.1 蛋白质空间形态的动态分析689

20.5.2 蛋白质与空间分子的啮合问题690

20.5.3 靶点的动力学分析691

第五部分 若干应用问题695

第21章 几种球蛋白与膜蛋白分析695

21.1 血红蛋白的结构与功能分析695

21.1.1 血红蛋白结构性质的回顾与补充695

21.1.2 血色素的构造698

21.1.3 血红蛋白的变异分析699

21.1.4 血红蛋白空间结构的数据与图形表示701

21.2 病毒概论702

21.2.1 病毒的分布、分类与研究702

21.2.2 病毒的结构形态与传播过程703

21.3 免疫系统与免疫球蛋白705

21.3.1 免疫机制的一般概念705

21.3.2 免疫球蛋白的空间结构708

21.3.3 免疫球蛋白的计算分析709

21.3.4 免疫球蛋白的结构与功能分析716

21.4 生物膜与膜蛋白718

21.4.1 生物膜概论718

21.4.2 几种典型的膜蛋白719

21.4.3 膜转运体722

21.4.4 对膜蛋白的一些实例分析724

第22章 流行病传播过程中基因突变的定量化分析726

22.1 基因突变定量化分析的一般理论726

22.1.1 流行病传播过程中的几个关键环节726

22.1.2 序列比对的一般理论与方法728

22.1.3 多重序列比对731

22.1.4 序列比对中的一些理论问题734

22.2 定量化分析的主要方法737

22.2.1 基因突变的类型分析737

22.2.2 系统树的构造与分析738

22.2.3 拓扑距离结构图的构造与分析740

22.2.4 拓扑距离结构图的正交分解理论743

22.3 SARS病毒传播过程的分析746

22.3.1 SARS病毒传播过程的概况746

22.3.2 SARS病毒传播过程的分析747

22.3.3 正交分解理论的应用748

22.4 HIV病毒传播的基因突变分析751

22.4.1 HIV病毒传播的一些基本知识752

22.4.2 HIV病毒的基因与蛋白质结构753

22.4.3 一个特殊的HIV病毒传播过程的定量化分析754

22.4.4 拓扑网络结构图的说明与讨论755

第23章 神经网络系统与神经科学757

23.1 神经网络系统概述757

23.1.1 不同神经网络系统的研究内容与意义757

23.1.2 ANNS的研究概述758

23.1.3 NNS的构造与功能760

23.1.4 HBNNS概述762

23.2 感知器764

23.2.1 感知器模型与它的学习算法764

23.2.2 感知器模型的推广767

23.2.3 支持向量机771

23.3 其他几种ANNS772

23.3.1 HNNS772

23.3.2 HNNS中的一些理论问题774

23.3.3 正向与反向的HNNS776

23.3.4 有关智能计算法的讨论与说明778

23.3.5 对ANNS的评议778

23.4 对BNNS的讨论780

23.4.1 神经元与神经胶质的细胞特性780

23.4.2 神经元与神经胶质的网络结构特征783

23.4.3 不同感觉所产生的信号类型与特征785

23.4.4 不同感觉所产生的信号的异同点787

23.5 神经科学的综合研究与应用789

23.5.1 对不同NNS研究的意义790

23.5.2 感知器模型的推广791

23.5.3 关于ANNS理论推广问题的探讨794

23.5.4 对神经科学发展与应用的探讨与展望795

第24章 酶与酶动力学798

24.1 概论798

24.1.1 酶的发现与特性798

24.1.2 酶的命名分类800

24.1.3 酶学杂谈803

24.2 酶动力学803

24.2.1 酶的动力学分析原理803

24.2.2 酶的活力分析805

24.2.3 酶活力的微观分析809

24.2.4 酶的实例分析810

24.2.5 对ATP酶的分析812

24.3 酶的应用与酶工程学概述814

24.3.1 酶的工业生产814

24.3.2 酶的应用816

24.3.3 酶在一些前沿科学研究中的应用817

第25章 若干热点问题的探讨821

25.1 生态的多样性与系统的平衡问题821

25.1.1 蛋白质结构类型的多样性821

25.1.2 从蛋白质的一级结构与空间结构看它的多样性823

25.1.3 蛋白质多样性与生态系统的平衡性问题825

25.2 生物能源825

25.2.1 能源问题概论825

25.2.2 生物能源概论829

25.2.3 对第三代生物能源的探讨830

25.2.4 发展第三代生物能源的其他问题834

25.2.5 从科学幻想到科学奇迹835

25.3 关于基因分子生物学的补充说明与介绍836

25.3.1 基因组与染色体的一般特性836

25.3.2 染色体与基因组的空间结构839

25.3.3 细胞的有丝分裂与RNA的结构分析842

25.3.4 基因组序列中的动力学性质844

25.3.5 基因分子生物学中的疑难问题846

25.4 其他难点问题848

25.4.1 一些难点问题848

25.4.2 造成这些难点问题的生理因素849

25.4.3 对动力学因素的考虑851

25.5 结束语853

第六部分 附 录857

附录A 重要符号的说明857

A.1 不同类型符号的说明857

A.1.1 英文大、小写字母的表示857

A.1.2 希腊字母的表示859

A.1.3 有关PDB数据库中英文字母的表示860

A.2 有关数学公式的表示862

A.2.1 随机变量的概率分布与特征数862

A.2.2 一些数学公式与符号864

A.2.3 空间多面体与图的记号864

A.3 尺度指标的数据与比较865

A.3.1 尺度指标概论865

A.3.2 一些典型的尺度指标867

A.3.3 其他综合尺度分析869

附录B 一些重要概念与结果的说明873

B.1 生物信息学与信息动力学873

B.1.1 生物信息学873

B.1.2 ID的理论与方法874

B.1.3 ID与蛋白质一级结构的语义分析875

B.2 一些数学理论、方法与工具876

B.2.1 图论与拓扑空间876

B.2.2 凸闭包与空间多面体878

B.2.3 分子结构的几何分析879

B.2.4 分子结构的统计分析880

B.3 氨基酸与蛋白质的空间结构881

B.3.1 氨基酸的空间结构与蛋白质的三维结构表示881

B.3.2 蛋白质三维结构研究中的一些主要结论883

B.3.3 蛋白质的空间结构形态885

B.3.4 蛋白质的空间结构形态的分析方法886

B.4 分子动力学理论的分析与讨论888

B.4.1 蛋白质的形成过程与溶液中的动力学问题888

B.4.2 蛋白质内部的自由能890

B.4.3 蛋白质内部的结合能891

B.5 一些应用问题的说明892

B.5.1 一些重要蛋白质的分析892

B.5.2 一些特殊问题的讨论与分析895

B.5.3 酶与酶动力学899

B.5.4 有关热点问题的讨论905

B.5.5 基因分子生物学的补充说明与介绍907

附录C 有关数据库与光盘的说明911

C.1 关于数据库与数据处理中的一些说明911

C.1.1 关于数据库与数据处理中的一些问题911

C.2 光盘文件的说明912

C.2.1 DATA0文件包912

C.2.2 DATA1与DATA2文件包913

C.3 光盘中所有文件一览表914

参考文献921

索引934