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第一篇 生物信息数据库概述3

1 生物信息数据库3

1.1 生物信息数据库概述3

1.2 生物信息数据库的分类4

2 国内外生物信息数据库的发展82

2.1 国际生物信息数据库的发展82

2.2 中国的生物信息数据库建设82

2.3 建设生物信息数据库：存在的问题和解决思路探讨82

第二篇 用于建立生物信息数据库的数据管理87

3 数据来源87

3.1 从各种生物信息数据库的FTP下载87

3.2 各种生物信息数据库的查询结果91

3.3 各实验终端提供的数据91

4 数据类型92

4.1 原始数据92

4.2 生物信息分析数据110

5 生物信息分析平台156

5.1 生物信息分析平台简介156

5.2 Galaxy平台157

5.3 GenePattern生物分析平台162

5.4 DNAnexus生物分析平台163

5.5 Blast for OneKP Project163

6 数据质量管理规范165

6.1 数据质量概述165

6.2 生物数据的质量控制165

7 数据存储管理168

7.1 存储内容168

7.2 大数据存储168

7.3 存储方式170

7.4 存储管理一般原则172

8 数据备份和恢复管理规范173

8.1 数据的备份173

8.2 数据的恢复178

9 数据安全管理规范181

9.1 数据分类181

9.2 权限管理181

9.3 注意事项182

第三篇 建立生物信息数据库的实用指南185

10 概述185

10.1 引言185

10.2 数据相关的基本概念185

11 数据库设计190

11.1 数据库设计过程191

11.2 数据库设计规范（以关系数据库为例）199

11.3 数据库命名规范202

12 常见生物信息数据库特点204

12.1 数据模型204

12.2 数据库的存储204

13 生物信息数据库系统开发212

13.1 虚拟本地数据库212

13.2 本地数据库213

第四篇 生物信息数据库的使用管理规范217

14 数据库的安全性管理217

14.1 安全性的类型217

14.2 数据库安全性控制方法218

14.3 基于角色访问控制的安全性和权限管理218

15 数据提交管理221

15.1 概述221

15.2 提交内容221

15.3 提交方式226

16 数据共享和交互242

17 数据检索246

17.1 检索工具246

17.2 检索结果格式247

第五篇 伦理学问题257

18 国际伦理法则257

19 生物大数据中的伦理问题258

20 国内生物信息数据库中的伦理问题259

21 伦理规范260

21.1 伦理的原则260

21.2 关于知情同意261

22 伦理审查建设264

22.1 公开透明的政策和社会广泛参与264

22.2 信息的处理（保密和告知研究结果）应以参与者利益为重264

22.3 建立有效的监督和责任机制264

22.4 加强伦理审查能力建设265

第六篇 生物信息数据库知识产权保护269

23 引言269

24 国内外数据库权利保护相关条约、协议270

24.1 欧盟数据库法律保护270

24.2 美国数据库法律保护271

24.3 WIPO数据库法律保护272

24.4 我国数据库法律保护现状273

25 生物信息数据库的保护模式探讨274

25.1 存在的问题274

25.2 生物信息数据库知识产权保护建议274

参考文献277

缩略语表284

名词术语285