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第一章 猪、鸡生长发育的功能基因组1

第一节 猪、鸡肌肉生长发育相关机制的研究1

一、采用组学方法对猪、鸡肌肉生长发育分子机制的研究1

二、采用候选基因方法对猪、鸡肌肉生长发育性状的研究16

第二节 猪、鸡脂肪生长发育的功能基因研究21

一、猪的Caveolin基因家族21

二、猪Wnt信号通路和microRNA在调控脂肪生成中的作用24

三、脂蛋白脂肪酶基因多态性与脂肪性状关联分析25

第三节 猪、鸡性腺对生长发育调控的研究28

一、雄性性腺对猪肌肉和脂肪组织生长发育调控的研究29

二、性腺对公鸡生长发育影响的研究35

第四节 藏鸡低氧适应机制的研究39

一、采用组学方法对藏鸡低氧适应机制的研究40

二、采用候选基因法对藏鸡低氧适应性机制的研究52

参考文献59

第二章 猪、鸡品质性状形成的分子机制60

第一节 猪品质性状形成的分子机制60

一、部分地方品种和引进品种肉质性状测定60

二、品质差异品种和不同生长发育阶段组织中基因表达差异研究65

三、猪肌肉组织差异蛋白质组学研究91

四、猪品质性状的候选基因和分子标记研究98

五、猪品质性状相关印记基因的研究110

六、猪肌肉细胞系的建立以及品质性状相关基因的RNA干扰研究113

七、复杂性状与基因组多位点的关联分析方法研究116

第二节 鸡品质性状形成的分子机制116

一、蛋品质性状测定与遗传参数估计116

二、应用高通量的检测方法筛选蛋品质性状候选基因119

三、鸡蛋鱼腥味易感基因FMO3的研究125

四、鸡脂肪代谢功能基因的研究127

五、鸡肌纤维发育的分子机制研究134

参考文献139

第三章 繁殖性状形成的遗传机制143

第一节 家猪繁殖性状基因位点的遗传解析143

一、大规模“白色杜洛克猪×二花脸猪”F2/F3资源群体的构建及繁殖性状表型测定143

二、遗传图谱的构建和QTL定位统计分析153

三、繁殖性状QTL定位159

四、繁殖性状QTL精细定位和候选基因研究169

五、母猪杀婴行为表型极端个体下丘脑差异表达基因的分离184

六、候选基因影响母猪杀婴行为的表观遗传机制研究184

第二节 性别决定、分化及生殖细胞的发育184

一、性别决定和分化的机制185

二、雄性生殖细胞的发育201

三、雌性生殖细胞的发育216

小结231

参考文献231

第四章 抗病和抗逆基因的克隆分析246

第一节 猪免疫性状的QTL精细定位246

一、猪资源群体的构建246

二、资源群体免疫性状的测定与分析246

三、猪免疫指标QTL全基因组扫描分析247

四、后续研究：基于高密度SNP芯片的全基因组关联分析250

第二节 猪腹泻抗性基因的克隆分析252

一、F4体外黏附表型252

二、SSH差异表达基因分析253

三、腹泻候选基因Muc4关联分析254

四、F4受体基因精细定位255

五、大肠杆菌K88ad受体全基因组扫描256

六、大肠杆菌F18受体候选基因α1-岩藻糖转移酶基因分析256

七、K88ac受体候选基因Muc4突变与表达的关系256

八、差异蛋白质组学方法，筛选腹泻候选基因256

九、后续研究：大肠杆菌F4和F18受体候选基因Muc4、FUT1基因功能验证257

第三节 猪抗病、抗逆候选基因的克隆分析257

一、CD14基因的克隆、定位、组织表达257

二、TLR4基因的定位、组织表达257

三、SLC11A和BPI基因的组织表达及与免疫性状关联分析259

四、低分子质量多肽2、低分子质量多肽7（LMP2、LMP7）基因的克隆分析260

五、MECL-1的克隆分析263

六、猪能量代谢功能基因的克隆分析264

第四节 鸡抗逆基因的分子遗传基础和克隆分析267

一、蛋壳膜抑菌作用的分子机制267

二、不同品种鸡蛋清抗菌性研究267

三、鸡色素性状的分子遗传学基础及其抗逆保护作用269

参考文献273

第五章 重要复杂性状的比较基因组275

第一节 猪重要复杂性状基因功能及调控网络的研究275

一、猪比较基因组学和比较转录组学研究276

二、基因网络分析278

三、比较蛋白质组学研究280

四、复杂性状重要基因、通路及调控规律的功能分析281

第二节 猪肌肉及胎盘发育相关的功能基因及microRNA研究295

一、猪肌肉发育相关重要功能基因研究295

二、猪肌肉发育相关microRNA克隆与表达研究297

第三节 鸡脂肪组织生长发育重要基因的筛选及其功能研究306

一、影响鸡脂肪组织生长发育的重要基因的筛选307

二、重要基因的功能研究311

第四节 绵羊和山羊高繁殖力候选基因研究及应用316

一、绵羊和山羊BMPR-IB基因的研究318

二、绵羊和山羊BMP15基因的研究322

三、绵羊和山羊GDF9基因的研究325

四、小尾寒羊BMPR-IB和BMP15基因协同作用的研究327

小结328

参考文献329

第六章 表观遗传和miRNA影响性状形成的机制332

第一节 表观遗传、miRNA及siRNA研究332

一、在全基因组范围内研究并论证了G4 DNA与基因表达调控的关系332

二、红色原鸡和AA鸡全基因组甲基化模式及基因表达研究333

三、鸡miRNA调控表达机制的研究335

四、miR-15a、miR-144参与鸡胚肺通气调控及低氧胁迫应答的研究336

五、利用RNA干扰对鸡黑色素沉积相关基因Slc24a5的功能研究338

六、miR-122与肝脏功能的关系339

七、CLB处理的香猪肌肉组织中microRNA的差异表达339

八、miRNA在猪卵母细胞成熟过程中的作用340

九、双肌羊与湖羊miRNA表达差异分析341

十、鸡中一种新的非编码RNA的研究341

第二节 重要功能基因的定位及解析343

一、精确定位并系统揭示了鸡类胰岛素生长因子-I单碱基突变是影响鸡生长和屠体性状的重要主效基因343

二、影响乌骨鸡“十全”性状的基因定位343

三、通过位置候选克隆的分析策略，进一步研究揭示了鸡类胰岛素生长因子-I单碱基突变是影响鸡生长和屠体性状的主效基因343

四、藏鸡低氧适应遗传与生理机制的研究343

第三节 利用DNA芯片技术对重要基因表达调控的研究345

一、利用DNA芯片技术研究了猪卵泡不同发育时期的基因表达谱，为揭示卵泡发育的分子调控机制奠定基础345

二、利用DNA芯片开展盐酸克伦特罗减少猪脂肪积累分子机制的研究346

三、建立利用DNA芯片进行高通量和大规模的、依赖于全基因组图谱选择（map-based selection）方法，分析重要经济性状基因的表达调控规律346

四、建立利用DNA芯片进行高通量和大规模的、依赖于全基因组图谱选择方法，分析家鸡起源研究347

参考文献348

第七章 鸡、猪重要经济性状的分子改良349

第一节 北京油鸡和乌鸡选择试验及候选基因研究349

一、试验鸡群选择试验349

二、鸡生长和繁殖性状候选基因的寻找及确定353

三、生长和繁殖性状候选基因关联分析353

四、候选基因SNP的功能验证358

第二节 杏花鸡生长、肉质与繁殖性状的标记辅助选择试验359

一、杏花鸡选择试验360

二、杏花鸡重要经济性状的遗传基础研究365

第三节 鸡抗病性状研究370

一、单核细胞吞噬指数与鸡的抗病力370

二、单核细胞高吞噬力交配组合获得的G1代抗病能力显著提高377

三、单核细胞高吞噬力组合对G1代繁殖及生长性能的影响378

四、单核细胞高吞噬特性影响抗病力初探379

第四节 猪重要经济性状候选基因分离克隆与功能分析380

一、猪重要经济性状候选基因分离与克隆380

二、抗素降低肝细胞葡萄糖耐受和增强胰岛素抵抗功能研究382

三、ChREBP和ACC1在肝细胞糖／脂代谢调控中的作用392

四、脂联素介导的脂肪积累调控研究400

五、成熟脂肪细胞中脂联素基因表达的脂肪酸应答调控408

参考文献413