图书介绍
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- 黄健主审；林昊，郭锋彪，王栋主编 著
- 出版社： 成都：电子科技大学出版社
- ISBN：9787564726188
- 出版时间：2014
- 标注页数：168页
- 文件大小：23MB
- 文件页数：177页
- 主题词：生物信息论
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图书目录
第一章 绪论1
第一节 基本概念1
第二节 生物信息学的发展2
第三节 研究任务4
第四节 章节安排5
第二章 序列比对与分子进化6
第一节 相似性得分系统6
一、基本概念6
二、序列的相似性7
三、序列比对得分矩阵8
第二节 序列比对方法14
一、点阵法14
二、动态规划法15
三、序列比对工具17
第三节 数据库搜索18
一、FASTA18
二、BLAST21
第四节 分子系统发生分析28
一、分子钟学说与中性进化理论28
二、进化距离30
三、系统发生树构建方法33
第五节 系统发生树构建软件使用36
一、PHYLIP使用36
二、MEGA使用38
第三章 密码子与DNA序列信息42
第一节 遗传密码的稳定性42
一、四碱基的DNA序列42
二、遗传密码的简并规则44
三、氨基酸的不可替代性49
第二节 DNA的短程关联和长程关联51
一、DNA序列的短程关联51
二、DNA序列的谱分析与长程关联54
三、DNA序列阅读框架的非均匀性55
第三节 DNA的数学表示56
一、DNA序列的混沌图示法56
二、DNA序列的算术描述57
第四章 基因组信息学60
第一节 基因预测62
一、真核基因预测63
二、原核基因预测66
三、病毒基因预测70
四、元基因组的基因预测72
五、微生物基因组的重新注释74
第二节 基因组的组成及结构的分析及预测75
一、真核生物基因组的GC等值区及CpG岛75
二、细菌的基因组岛及复制起始位点的预测80
三、密码子使用策略分析84
第三节 人类疾病相关基因的识别88
一、人类疾病相关基因的识别88
二、致病菌毒力基因与耐药基因的识别89
三、人类重要疾病数据库91
第四节 非编码RNA的预测92
第五节 利用GO注释基因功能94
第五章 蛋白质信息学98
第一节 蛋白质数据库98
一、Uniprot蛋白质序列数据库98
二、PDB蛋白质结构数据库100
第二节 蛋白质结构预测102
一、蛋白质结构102
二、蛋白质二级结构预测105
三、蛋白质三级结构预测108
四、蛋白质结构相关预测113
第三节 蛋白质功能预测115
一、蛋白质亚细胞定位预测115
二、酶类型预测116
三、蛋白质翻译后修饰118
四、其他蛋白质功能预测问题119
第六章 基因芯片数据分析120
第一节 基因芯片平台简介120
一、基因芯片分类120
二、常见的基因芯片121
第二节 数据的预处理124
一、数据的提取124
二、数据的过滤125
三、缺失数据的处理125
四、数据的对数转换126
五、数据的标准化126
第三节 差异表达基因分析130
一、倍数法130
二、t检验法130
三、SAM法131
四、其他方法132
第四节 基因芯片数据的聚类分析132
一、聚类分析中距离（或相似性）的尺度函数133
二、聚类分析中的聚类算法134
第五节 基因芯片数据的分类分析137
一、k近邻分类法138
二、决策树138
三、支持向量机140
四、Fisher线性判别分析140
五、分类性能评价141
第六节 基因芯片数据库及常用分析软件142
一、基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）142
二、ArrayTools143
三、SAM143
四、Cluster和TreeView143
五、R语言和BioConductor144
第七章 免疫信息学145
第一节 免疫信息学源流145
第二节 免疫信息学资源147
一、免疫学数据库147
二、单机软件与网络程序151
第三节 免疫信息学的应用151
一、表位预测151
二、噬菌体展示156
三、在抗体研究中的应用160
四、在疫苗研究中的应用164
五、在移植免疫中的应用166
六、在变态反应防治中的应用166