图书介绍
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- 蒋彦等编著 著
- 出版社： 北京：清华大学出版社
- ISBN：7302067015
- 出版时间：2003
- 标注页数：255页
- 文件大小：57MB
- 文件页数：281页
- 主题词：生物信息论
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图书目录
1 绪论1
1.1生物信息学的兴起1
1.1.1 生物信息学的起源1
1.1.2 生物信息学产生的历史必然性2
1.2 什么是生物信息学4
1.2.1 生物信息学的定义4
1.2.2 生物信息学的研究对象5
1.2.3 生物信息学研究的基本方法7
1.2.4 生物信息学的目的意义7
1.2.5 生物信息学的主要研究内容9
1.2.6 生物学与生物信息学的相互关系16
1.3 生物信息学与生物信息产业发展的回顾与展望16
1.4 生物信息学的教育与学习18
1.4.1 时代的需要——加强生物信息学人才培养18
1.4.2 生物信息学的学习19
1.4.3 本书的特点19
2 核酸序列分析21
2.1 生物信息学数据库21
2.1.1 核酸数据库22
2.1.2 数据库格式23
2.2 序列数据库检索33
2.2.1 Entrez34
2.3 核酸序列相似性分析38
2.3.1 相似性搜索39
2.3.2 通过BLAST发现序列的生物学意义51
2.3.3 序列相似性检索的原则51
2.3.4 序列双重比对52
2.3.5 序列相似性的显著性评价56
2.4 核酸的多序列比对56
2.4.1 什么是多序列比对56
2.4.2 多序列比对工具57
2.4.3 多序列比对实例58
2.5 构建进化树64
2.5.1 什么是系统发生？64
2.5.2 系统发生树66
2.5.3 如何构建进化树69
2.5.4 进化树构建实例73
2.6 核酸序列的预测与鉴定74
2.6.1 基因结构与功能的简介74
2.6.2 核酸序列预测与鉴定的步骤及注意的问题76
2.6.3 序列中载体污染的判定77
2.6.4 屏蔽重复序列78
2.6.5 开放读框的识别80
2.6.6 CpG岛82
2.6.7 基因编码区的预测84
2.6.8 基因序列的从头分析92
2.6.9 DNA序列分析的总结93
2.7 核酸序列物理性质的计算93
2.7.1 核酸序列基本性质的计算93
2.7.2 基于核酸序列的DNA曲率计算97
2.7.3 核酸序列三维结构的计算99
3 蛋白质序列分析101
3.1 蛋白质数据库介绍101
3.1.1 蛋白质序列数据库102
3.1.2 模体以及结构域数据库105
3.2 蛋白质序列分析110
3.2.1 蛋白质序列信息的获取110
3.2.2 蛋白质序列的格式化113
3.2.3 序列分析118
3.3 蛋白质序列分析及结构预测策略141
3.3.1 实验数据141
3.3.2 蛋白质序列数据142
3.3.3 序列数据库搜索143
3.3.4 结构域定位144
3.3.5 多重序列比对144
3.3.6 同源模建145
3.3.7 二级结构预测146
3.3.8 蛋白质折叠子分析和二级结构组分比对147
3.3.9 三级结构与序列之间比对149
3.4 基于一级结构的预测150
3.4.1 蛋白质性质的预测150
3.4.2 蛋白质的鉴定153
3.5 二级结构预测方法160
3.5.1 基于统计的预测方法160
3.5.2 基于知识的预测方法164
3.5.3 混合方法164
3.5.4 蛋白质二级结构预测网站164
3.5.5 蛋白质的疏水性分析170
3.6 其他序列分析工具171
3.6.1 SignalP——信号肽预测工具171
3.6.2 Tmpred——跨膜结构分析174
3.6.3 卷曲螺旋预测175
3.6.4 糖基化位点预测175
3.7 三级结构预测176
3.7.1 三级结构预测方法176
3.7.2 三级结构预测网站178
3.7.3 其他有关蛋白质结构预测的网站184
3.8 蛋白质家族分析184
3.8.1 蛋白质结构分类模式185
3.8.2 结构比对工具189
3.8.3 蛋白质分类实例189
4 文献检索191
4.1 文献检索的意义191
4.2 文献检索的基本步骤192
4.3 NCBI-PubMed195
4.3.1 命令式检索196
4.3.2 PubMed特色菜单199
4.3.3 Journal Links by Journal Title201
4.4 中国期刊网全文数据库202
4.4.1 初级检索203
4.4.2 高级检索204
4.4.3 二次检索204
4.4.4 检索结果204
4.4.5 与其他中文文献数据库的交叉检索204
4.5 检索中文文献杂志205
4.6 外文专利文献检索／WIPO—IPDL—PCT206
4.6.1 专利文献的检索意义206
4.6.2 一般检索207
4.6.3 高级检索208
4.6.4 简单检索208
4.6.5 结果记录及历史记录209
4.6.6 浏览209
4.7 中国专利检索／中国专利信息网210
4.7.1 简单检索210
4.7.2 逻辑组配检索210
4.7.3 菜单检索211
4.7.4 其他中文专利网212
4.8 学位论文—PQDD212
4.8.1 初级检索212
4.8.2 高级检索213
4.8.3 结果记录214
4.8.4 PQDD检索式构造辅助表214
4.9 中文学位论文—CDDB215
参考文献217
附录1 生物信息学相关词汇表（英汉对照）223
附录2 生物信息学相关数据库网络地址247