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第一章 杆状病毒简介、分类和进化1

一、杆状病毒的发现历程1

二、定义不在名字中：命名杆状病毒3

三、用什么定义杆状病毒？4

四、杆状病毒的多样性6

五、相关病毒13

参考文献16

第二章 杆状病毒包涵体和病毒粒子的结构蛋白21

一、包涵体的进化21

二、包涵体蛋白22

三、多角体相关蛋白26

四、杆状病毒的病毒粒子：囊膜蛋白27

五、核衣壳的结构36

六、所有杆状病毒均编码的BV和ODV核衣壳相关蛋白37

七、宿主蛋白质和蛋白质修饰42

参考文献43

第三章 杆状病毒复制周期：对细胞和昆虫的影响55

一、昆虫的中肠55

二、两种类型的病毒粒子57

三、从包涵体到易感的中肠细胞57

四、进入细胞核59

五、从细胞出芽形成BV61

六、引发全身感染的病毒61

七、参与感染周期的病毒蛋白64

八、出芽型病毒与细胞内病毒，它们是否存在转变？66

九、包埋，病毒感染的最终阶段67

十、病毒的扩散68

十一、GV的病理学69

十二、仅限于中肠感染的病毒：膜翅目和双翅目昆虫的NPV70

十三、持续的、潜在的、隐蔽的杆状病毒感染71

参考文献72

第四章 病毒感染的早期事件：病毒转录79

一、转录活化子、增强子和宿主RNA聚合酶79

二、杆状病毒的感染：对宿主细胞基因表达的选择性影响80

三、杆状病毒的转录级联反应：一种新策略的进化80

四、转录增强子81

五、杆状病毒的增强子：同源重复序列（hrs）82

六、早期基因的一个主要转录活化因子，即刻早期基因1（IE-1,Ac147）83

七、IE-1结合到hr序列84

八、调控早期病毒基因转录的RNA聚合酶Ⅱ信号85

九、杆状病毒的全基因组分析86

十、早期基因的有序表达86

十一、其他说明和限制条件87

参考文献87

第五章 病毒DNA复制和基因组加工92

一、病毒DNA复制起始位点的鉴定92

二、DNA合成的必需基因93

三、影响DNA复制的其他基因97

四、杆状病毒的DNA复制基因：缺少了什么？99

五、杆状病毒DNA复制的位置：病毒发生基质的形成100

六、其他的杆状病毒基因：DNA修复的提示100

七、参与核苷酸生化合成的基因102

八、杆状病毒的基因组是如何被复制的？104

九、基于重组的复制的影响：多个复制起点，共价封闭的环状基因组，以及每个囊膜中含有多个核衣壳105

十、基因组DNA的加工和包装105

十一、更多尚未回答的问题109

参考文献109

第六章 杆状病毒的晚期转录117

一、杆状病毒晚期基因的活化117

二、杆状病毒的晚期启动子元件117

三、昆虫病毒的RNA聚合酶和包涵体蛋白的超表达118

四、杆状病毒的RNA聚合酶120

五、RNA聚合酶的类别121

六、杆状病毒RNA聚合酶与其他RNA聚合酶的关系122

七、体外转录实验125

八、早期和晚期mRNA的终止和聚腺苷化125

九、极晚期基因的表达125

十、其他参与晚期转录的基因126

参考文献128

第七章 杆状病毒感染：细胞周期与凋亡132

一、杆状病毒感染和细胞周期132

二、病毒合成途径：一个“伪”S期或“病毒”S期环境的诱导134

三、细胞凋亡和杆状病毒感染134

四、AcMNPV的orf92（p33），细胞凋亡和细胞周期之间的关联？139

参考文献139

第八章 宿主抗性、易感性以及病毒感染对宿主分子生物学的影响143

一、昆虫免疫系统：血细胞、黑化反应和包囊作用143

二、宿主细胞对杆状病毒感染的反应：来自蛋白质组学、芯片及表达分析的证据144

三、调节病毒感染的其他途径145

四、宿主中肠对杆状病毒感染的抗性147

五、影响杆状病毒宿主范围的其他因素147

六、BmNPV和AcMNPV在家蚕和草地贪夜蛾细胞中宿主范围的调查148

七、全体蛋白质（global protein）合成关闭149

八、细胞凋亡和杆状病毒感染的特异性150

参考文献150

第九章 杆状病毒作为杀虫剂155

一、感染梨豆毛虫（Anticarsia gemmatalis）的一种NPV：在巴西的应用——一个大挫折155

二、感染苹果蠹蛾（Cydia pomonella）的一种颗粒体病毒：在北美和欧洲的应用156

三、感染棉铃虫（Helicoverpa armigera）的一种NPV：在中国的应用157

参考文献158

第十章 杆状病毒表达技术：原理与应用160

一、一些历史160

二、启动感染：环境的稳定性和昆虫中肠161

三、双相复制周期的进化允许（病毒）开发利用昆虫系统的生物合成能力162

四、优化细胞内环境：病毒的RNA聚合酶以及感染晚期大部分病毒和宿主基因的关闭162

五、极晚期基因（p10和多角体蛋白基因）的激活和转录162

六、基因拷贝数和未包进衣壳的病毒DNA的作用163

七、杆状病毒基因表达和生物技术163

八、总结和结论163

九、杆状病毒表达技术的应用164

十、杆状病毒表达蛋白质的翻译后加工169

参考文献171

第十一章 杆状病毒、逆转录病毒、DNA转座子（piggyBac）和昆虫细胞174

一、与杆状病毒相关的游移病毒（逆转录病毒）175

二、鳞翅目昆虫中的游移病毒175

三、昆虫逆转录病毒和杆状病毒之间的联系：env基因176

四、杆状病毒的F蛋白／（游移病毒的env蛋白）的细胞内同源物177

五、杆状病毒的F蛋白和昆虫逆转录病毒的env蛋白的特点177

六、昆虫逆转录病毒和杆状病毒的其他关系178

七、游移病毒具有感染性吗？178

八、env是否在游移病毒传染中发挥作用？178

九、逆转录因子的入侵和扩增179

十、是什么阻止逆转录因子不断扩增？180

十一、DNA和组蛋白甲基化对转座元件的抑制180

十二、通过RNA干扰抑制转座元件180

十三、Argonautes蛋白：具有RNA酶活性的蛋白质，并且对RNA干扰非常重要181

十四、性腺细胞中转座元件的抑制181

十五、在果蝇中，flamenco是piRNA的一种来源181

十六、杆状病毒感染过程中内源性逆转录因子序列的激活182

十七、piggyBac，来自粉纹夜蛾（Trichoplusia ni）的转座子，最初从杆状病毒分离而来182

参考文献184

第十二章 AcMNPV基因组：基因含量、保守性和功能189

一、AcMNPV基因组数据的调整：大约存在150个开放阅读框189

二、AcMNPV基因组注释192

参考文献229

第十三章 与AcMNPV基因组不同源的部分杆状病毒基因：保守性和功能255

参考文献259

第十四章 专业词汇262

参考文献265

第十五章 附录267

附录1 NCBI数据库中已测序的杆状病毒基因组列表267

附录2 基因组已被测序杆状病毒的昆虫宿主名称269