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第1章 土壤微生物研究概述1

1.1土壤微生物学的研究对象1

1.1.1土壤微生物多样性1

1.1.2土壤微生物过程3

1.1.3土壤微生物与环境的关系3

1.2土壤微生物学的发展简史4

1.2.1微生物研究方法进程5

1.2.2土壤微生物学的创立5

1.2.3土壤微生物分子生态学的发展6

1.3土壤微生物学的研究展望7

1.3.1土壤微生物的分离与纯培养8

1.3.2土壤宏基因组学技术及应用9

1.3.3土壤微生物多样性与功能耦合10

1.3.4土壤微生物的应用技术11

第2章 实验室的设置与设备12

2.1实验室的设置与功能12

2.1.1通用实验室12

2.1.2专用实验室13

2.1.3现代实验室15

2.2实验室的仪器与器皿18

2.2.1主要仪器18

2.2.2玻璃器皿18

2.2.3其他器具19

2.2.4生物安全柜19

2.3常规操作与注意事项20

2.3.1灭菌20

2.3.2洗涤26

第3章 土壤微生物的计数与分析29

3.1土样的采集与预处理29

3.1.1准备工作30

3.1.2土样采集与记录30

3.1.3土样运输与储存31

3.1.4预处理与预培养32

3.2土壤微生物的分离与计数32

3.2.1培养基32

3.2.2一般微生物的分离与计数37

3.2.3厌氧微生物的分离与计数42

3.2.4土壤微生物的纯化与培养45

3.3土壤微生物区系的分析52

3.3.1主要类群微生物的分离与计数53

3.3.2主要功能微生物的测定54

3.4根际微生物的分析62

3.4.1根际微生物的分离63

3.4.2根际优势菌的分群64

3.4.3根瘤菌与病原菌的检测65

3.4.4丛枝菌根真菌的分析68

3.5土壤微生物生物量的测定73

3.5.1氯仿熏蒸法73

3.5.2底物诱导呼吸法81

3.5.3腺苷三磷酸测定法82

3.5.4土壤麦角甾醇分析法84

3.5.5土壤几丁质分析法85

第4章 土壤微生物的鉴定与保藏87

4.1土壤微生物的分类与鉴定87

4.1.1土壤微生物的分类87

4.1.2微生物的传统鉴定方法93

4.1.3微生物自动化鉴定系统135

4.2菌种的选育与保藏143

4.2.1菌种的选育与改造143

4.2.2菌种的保藏与复壮157

第5章 土壤微生物多样性的分析166

5.1微生物的物种多样性分析166

5.1.1改进培养措施166

5.1.2新型培养技术168

5.2微生物的功能多样性分析170

5.2.1 BIOLOG碳素利用法170

5.2.2功能基因组学研究171

5.3微生物的结构多样性分析173

5.3.1醌指纹法173

5.3.2脂肪酸谱图法174

5.4微生物的遗传多样性分析178

5.4.1基于杂交的分析方法184

5.4.2基于PCR的分析方法192

第6章 土壤微生物过程的分析218

6.1土壤碳转化作用218

6.1.1土壤呼吸作用218

6.1.2纤维素分解作用221

6.1.3土壤产甲烷作用222

6.2土壤氮转化作用223

6.2.1土壤氮素矿化作用223

6.2.2土壤硝化作用226

6.2.3土壤反硝化作用230

6.2.4土壤固氮作用233

6.3土壤磷、铁、硫转化作用236

6.3.1土壤磷转化作用236

6.3.2土壤铁转化作用238

6.3.3土壤硫转化作用240

6.4土壤酶活性的测定243

6.4.1氧化还原酶活性245

6.4.2水解酶活性249

6.4.3转移酶和裂解酶活性262

第7章 土壤微生物的原位研究266

7.1土壤微生物的观察266

7.1.1土壤微生物细胞的观察266

7.1.2土壤微生物区系的原位观测269

7.1.3根际微生物的观测278

7.2模型生态系统的应用279

7.2.1环流装置281

7.2.2根际装置283

7.2.3温室气体升高模拟装置289

7.2.4土壤呼吸的田间原位测定装置290

7.3稳定性同位素技术的应用294

7.3.1稳定同位素示踪技术295

7.3.2稳定同位素核酸探针技术300

第8章 土壤微生物的应用技术322

8.1微生物肥料322

8.1.1固氮菌、解磷菌及解钾菌323

8.1.2菌根真菌326

8.1.3根际促生菌331

8.1.4微生物有机肥333

8.2微生物农药334

8.2.1苏云金杆菌335

8.2.2微生物除草剂与农用抗生素336

8.3微生物修复336

8.3.1微生物对有机污染物的降解337

8.3.2微生物对重（类）金属的转化338

8.3.3微生物对生物污染的防治340

8.3.4微生物对复合污染的修复341

第9章 实验设计与数据分析处理343

9.1实验设计343

9.1.1实验设计的要素和原则343

9.1.2正交实验设计344

9.1.3均匀实验设计347

9.1.4其他实验设计方法349

9.2数据分析处理351

9.2.1显著性检验352

9.2.2方差分析353

9.2.3线性相关与一元线性回归分析354

9.2.4多元分析处理中的主成分分析357

9.2.5聚类分析359

9.2.6典范对应分析359

附录362

一、培养基配方362

二、常用酸碱溶液的配制376

三、常用固态化合物溶液的配制377

四、常用消毒剂的配制378

五、常用酸碱指示剂的配制379

六、常用分子生物学试剂的配制379

七、常用引物列表384

八、最大或然数法测数统计表389

九、标准筛孔对照表391

十、土壤中常见细菌、放线菌、真菌的检索表392

十一、国内外微生物菌种保藏机构网络信息402

十二、土壤系统分类检索表405

参考文献407