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生物信息学概论
  • 王哲主编（第四军医大学基础部） 著
  • 出版社： 西安：第四军医大学出版社
  • ISBN：7810860232
  • 出版时间：2002
  • 标注页数：221页
  • 文件大小：14MB
  • 文件页数：234页
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图书目录

第一章 概论1

第一节 生物信息学及其与生物学的关系2

一、生物信息学的定义4

二、生物学的发展与生物信息学5

三、基因组学、蛋白质组学与生物信息学6

四、国内生物信息学现状及展望9

第二节 计算机在生物学及医学领域的应用12

一、生物学、医学的计算机12

二、计算机算法14

三、不同类型计算机的功用16

四、计算机分析的局限性18

五、对更好的计算机工具的需求21

六、网络与生物信息学23

第一节 蛋白质的结构与功能28

一、蛋白质的结构28

第二章 生物大分子28

1．氨基酸的结构29

2．肽键与肽链33

3．蛋白质的构象34

二、蛋白质功能37

第二节 核酸的结构和功能39

一、DNA和RNA的结构39

二、遗传密码40

三、基因与进化43

第三章 数据库和搜索工具46

第一节 计算机工具和数据库46

一、美国国家生物技术信息中心（NCBI）48

【NCBI提供的主要服务】52

1．PubMed53

2．BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)53

3．Entrez53

5．OMIM(OnlineMendelianInheritanceinMan)58

4．BankIt58

6．Taxonomy59

7．Structure59

8．Books59

【NCBI的HotSpots】59

1．CancerGenomeAnatomyProject60

2．ClustersofOrthologousGroups64

3．CoffeeBreak65

4．ElectronicPCR65

5．GeneExpressionOmnibus65

6．Genesanddisease66

7．Humangenomeresources67

8．Humanmapviewer67

9．Human/mousehomologymaps67

10．LocusLink67

13．Referencesequenceproject68

12．ORFfinder68

11．Malariagenetics genomic68

14．Retrovirusresources69

15．Serialanalysisofgeneexpression69

16．SKY/CGHdatabase70

17．Tracearchive70

18．UniGene70

19．VecScreen71

二、欧洲生物信息学研究所（EBI）71

1．EMBL核苷酸序列数据库75

2．SWISS-PROT蛋白序列数据库76

3．放射杂交数据库76

4．dbEST和dbSTS77

5．PDB（Brookhaven镜像站点）77

6．IMGT数据库（TheInternationalImMunoGeneTicsDatabase）78

三、日本生物信息学服务器（GenomeNet）82

1．GenomeNet网站的链接83

2．京都基因和基因组百科全书—KEGG85

3．KEGG代谢数据库的应用86

4．生物分子的一般信息资料88

第二节 数据库开发工具89

一、序列相似性搜索工具89

1．序列排列90

2．两种序列排列工具的记分方案91

3．序列排列的用途93

4．大多数蛋白序列算法的基本概念93

5．NCBI的同源搜索基本工具-BLAST93

6．EBI的同源搜索工具—FASTA99

7．数据库序列搜索概述101

二、特征识别工具和数据库103

1．Prosite数据库储存的信息及对用户的作用103

2．Prosite文件资料的提供方式104

3．识别信号的含义及阅读和构建的方法104

第一节 DNA克隆和PCR111

第四章 基因组分析111

一、DNA克隆112

二、转录谱113

三、定点克隆114

四、多聚酶链式反应（PCR）116

五、发展中的测序技术116

六、监测测序进展117

第二节 DNA序列分析的计算机工具118

一、数据库数据提交119

二、数据查询123

三、序列排列127

四、基因序列的生物学注释127

五、开放读框和未确认读框128

第三节 基因组分析130

一、基因组的组织130

二、基因组作图136

1．遗传连锁图谱136

3．表达图谱138

2．物理图谱138

4．减少冗余性140

三、人类基因组作图进展141

四、人类基因组序列草图公布142

第四节 功能基因组143

一、未确认的读框（UnidentifiedReadingFrames,URFs）147

二、同源异种组（ClusterofOrthologousGroups:COGs）148

第五节 人类基因组计划与生物信息学研究150

一、高度自动化的实验数据获得、加工和整理151

二、序列片段的拼接151

三、基因区域的预测152

四、基因功能预测153

第五章 蛋白质组分析156

第一节 蛋白质组学156

一、蛋白质组学研究的策略和技术158

二、EXPASY的二维聚丙烯酰胺凝胶数据库162

三、其它的二维凝胶电泳数据库164

第二节 代谢通路的重建166

一、京都基因、基因组百科全书—KEGG166

二、功能重建模型166

三、大肠杆菌代谢数据库：EcoCyc167

第六章 生物信息学在生物学中的其它应用171

第一节 分子结构可视化与计算机模拟171

一、3—D成像（三维成像）172

附：虚拟医生及虚拟人体174

二、虚拟细胞与预测生物学175

第二节 神经生物信息学的研究178

一、人类脑计划和人脑图谱179

二、神经变性性疾病的分子机制183

第三节 生物信息学在肿瘤学研究中的应用186

附录一 分子生物学数据库一览表194

附录二 生物信息学定义一览表214

索引215

后记221

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