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第1章　禾谷多黏菌传麦类病毒1

1.1　大麦黄花叶病毒属（Bymovirus）2

1.1.1　Bymovirus属成员病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征2

1.1.2　大麦黄花叶病毒（Barley yellow mosaic virus,BaYMV）2

1.1.3　大麦和性花叶病毒（Barley mild mosaic virus,BaMMV）6

1.1.4　小麦黄花叶病毒（Wheat yellow mosaic virus,WYMV）和小麦梭条斑花叶病毒（Wheat spindle streak mosaic virus,WSSMV）8

1.1.5　燕麦花叶病毒（Oat mosaic virus,OMV）15

1.1.6　Bymovirus属成员相互关系及结构特征分析19

1.2　真菌传杆状病毒属（Furovirus）26

1.2.1　土传小麦花叶病毒（Soil-borne wheat mosaic virus,SBWMV）26

1.2.2　中国小麦花叶病毒（Chinese wheat mosaic virus,CWMV）28

1.2.3　燕麦金色条纹病毒（Oat golden stripe virus,OGSV）和欧洲小麦花叶病毒（European wheat mosaic virus,EWMV）30

1.2.4　Furovirus属成员特征和系统进化关系33

1.3　Furovirus属、Bymovirus属成员与禾谷多黏菌介体间的相互关系37

1.3.1　禾谷多黏菌的分类地位37

1.3.2　介体与病毒的关系38

1.3.3　多黏菌传毒相关蛋白39

1.4　麦类作物对Furovirus属和Bymovirus属成员的抗性机理研究43

1.4.1　小麦对SBWMV的抗性机理43

1.4.2　大麦对BaYMV和BaMMV的抗性机理43

1.4.3　小麦对WSSMV的抗性机理44

第2章 一些十字花科作物上的芜菁花叶病毒基因组差异及同源重组的证据48

2.1　芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）分离物基因组3′端序列差异48

2.2　系统进化树分析52

第3章　马蹄莲和芋艿上芋花叶病毒的分子鉴定和序列差异分析54

3.1　芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus,DsMV）病样54

3.2　DsMV-M13普通生物学特征55

3.3　DsMV-M13基因组结构56

3.4　DsMV分离物序列比较59

3.5　DsMV-M13和马铃薯Y病毒属（Potyvirus）其他成员的比较59

第4章　长豇豆线状病毒病原的分子鉴定65

4.1　长豇豆病害线状病毒病原普通生物学特征65

4.2　菜豆普通花叶病毒（Bean common mosaic virus,BCMV）长豇豆R和Y分离物基因组结构特征66

4.3　基因组全序列差异67

4.4　系统进化树分析68

第5章 大豆和半夏上的大豆花叶病毒鉴定和分子差异72

5.1　大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）Y5株系72

5.1.1　SMV Y5株系普通生物学特征72

5.1.2　SMV Y5株系的基因组结构73

5.2　SMV杭州大豆分离物基因组结构73

5.3　杭州半夏植株上的SMV分离物（SMV-P）73

5.3.1　SMV-P与SMV Y5株系在大豆品种反应上的差异73

5.3.2　半夏病症、病毒粒子形态学和细胞病理学特征74

5.3.3　SMV-P基因组部分序列特征74

5.4　SMV分离物基因组3′端部分序列差异及系统进化树分析75

5.5　SMV分离物基因组序列与致病性差异的可能关系77

第6章　玉米和甘蔗花叶病害线状病毒病原的分子鉴定80

6.1　甘蔗和玉米花叶病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征81

6.1.1　病害田间症状81

6.1.2　病毒粒子形态及细胞病理学特征81

6.2　病原的分子鉴定81

6.2.1　基因组全序列及结构特征分析82

6.2.2　甘蔗花叶病毒（Sugarcane mosaic virus,SCMV）亚组成员序列比较84

6.2.3　进化树分析和分类学思考91

6.2.4　SCMV亚组成员分离物序列重组分析93

6.3　我国玉米和甘蔗花叶病毒病原鉴定问题思考93

第7章　大蒜线状病毒分子鉴定96

7.1　大蒜花叶病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征96

7.2　香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）成员的分子鉴定97

7.2.1　大蒜潜隐病毒（Garlic latent virus,GarLV）浙江ZJ1分离物基因组全序列测定及其编码蛋白功能推测98

7.2.2　GarLV分离物的分子差异99

7.2.3　GarLV分离物的系统进化树分析101

7.3　马铃薯Y病毒属（Potyvirus）成员的分子鉴定103

7.3.1　洋葱黄矮病毒（Onion yellow dwarf virus,OYDV）分离物的分子差异及系统进化树分析103

7.3.2　韭葱黄条病毒（Leek yellow stripe virus,LYSV）分离物的分子差异及系统进化树分析104

7.3.3　OYDV和LYSV分子差异与地理分布及寄主的可能关系109

7.4　葱属X病毒属（Allexivirus）的分子鉴定110

7.4.1　大蒜X病毒（Garlic virus X,GarV-X）110

7.4.2　大蒜E病毒（Garlic virus E,GarV-E）112

7.4.3　Allexivirus属成员基因组编码蛋白功能112

7.4.4　Allexivirus属成员编码蛋白的比较及系统进化树分析113

7.4.5　我国一些大蒜病样中Allexivirus属成员的鉴定119

7.5　注释119

第8章　薤线状病毒的分子鉴定123

8.1　薤花叶病毒（Scallion mosaic virus,ScaMV）123

8.1.1　ScaMV基因组全序列特征124

8.1.2　Potyvirus属成员的分子差异及ScaMV的分类地位124

8.2　薤X病毒（Scallion virus X,ScaVX）130

8.2.1　ScaVX基因组全序列特征130

8.2.2　马铃薯X病毒属（Potexvirus）成员的分子差异及ScaVX的分类地位131

8.3　注释141

第9章　大葱和分葱上的葱黄条病毒分子鉴定和差异分析143

9.1　症状、病毒粒子形态及细胞病理学特征143

9.2　葱黄条病毒（Shallot yellow stripe virus,SYSV）基因组部分序列特征143

9.3　SYSV分离物分子差异及系统进化关系144

9.4　侵染葱属植物的Potyvirus属成员进化关系145

第10章　莴苣线状病毒的分子鉴定148

10.1　症状、病毒粒子形态及细胞病理特征148

10.2　莴苣花叶病毒（Lettuce mosaic virus,LMV）浙江分离物基因组序列特征148

10.3　LMV分离物的分子差异149

10.4　系统进化树分析150

10.5　注释151

第11章　水仙线状病毒病原的分子鉴定153

11.1　马铃薯Y病毒科（Potyviridae）成员的分子鉴定153

11.2　Carlavirus属成员的分子鉴定155

第12章　人参果上的马铃薯M病毒分子鉴定159

12.1　马铃薯M病毒（Potato virus M,PVM）人参果分离物基因组序列特征159

12.2　与其他相关病毒分离物的同源性比较和系统进化分析160

第13章　其他线状植物病毒的分子鉴定164

13.1　小麦花叶病毒属（Tritimovirus）164

13.1.1　雀麦线条花叶病毒（Brome streak mosaic virus,BrStMV）164

13.1.2　小麦线条花叶病毒（Wheat streak mosaic virus,WSMV）165

13.2　黑麦草花叶病毒属（Rymovirus）166

13.2.1　冰草花叶病毒（Agropyron mosaic virus,AgMV）166

13.2.2　黑麦草花叶病毒（Ryegrass mosaic virus,RgMV）166

13.3　马铃薯Y病毒属（Potyvirus）167

13.3.1　芹菜花叶病毒（Celery mosaic virus,CeMV）167

13.3.2　马铃薯A病毒（Potato virus A,PVA）168

13.3.3　甘薯羽状斑驳病毒（Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV）169

13.3.4　菜豆黄花叶病毒（Bean yellow mosaic virus,BYMV）171

13.3.5　菜豆普通花叶病毒花生条纹株系（Bean common mosaic virus-strain Peanut stripe virus,BCMV-PStV）172

13.3.6　马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）172

13.3.7　百合斑驳病毒（Lily mottle virus,LMoV）173

13.3.8　小西葫芦黄花叶病毒（Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV）175

13.4　香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）177

13.4.1　百合无症病毒（Lily symptomless virus,LSV）177

13.4.2　马铃薯S病毒（Potato virus S,PVS）178

第14章 长叶车前花叶病毒上海分离物的分子特征及其与油菜花叶病毒的相似性181

14.1　长叶车前花叶病毒（Ribgrass mosaic virus,RMV）上海分离物的基因组序列特征181

14.2　相关病毒序列同源性比较182

14.3　侵染十字花科植物的烟草花叶病毒属（Tobamovirus）成员系统进化树分析183

第15章　我国玉米粗缩病、小麦绿矮病和水稻黑条矮缩病病原的分子鉴定186

15.1　水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV）浙江水稻分离物187

15.1.1　基因组全序列特征187

15.1.2　RBSDV基因组各片段的结构及编码蛋白可能功能188

15.2　我国玉米粗缩病和小麦绿矮病病原均为RBSDV195

15.2.1　基因组片段S7序列分析196

15.2.2　基因组片段S8序列分析196

15.2.3　基因组片段S9序列分析197

15.2.4　基因组片段S10序列分析197

15.2.5　系统进化分析197

15.3　呼肠孤病毒科（Reoviridae）成员系统进化关系199

第16章 马铃薯Y病毒属成员的基因组全序列的扩增方法202

16.1　马铃薯Y病毒属（Potyvirus）简并引物的设计202

16.1.1　Potyvirus属基因组编码蛋白氨基酸序列的多重序列比较分析203

16.1.2　Potyvirus属成员简并PCR引物的设计225

16.2　Potyvirus属成员基因组全序列PCR扩增流程226

16.2.1　模板RNA制备226

16.2.2　第一链cDNA合成226

16.2.3　基因组RNA 3′端序列的快速扩增227

16.2.4　简并引物PCR229

16.2.5　病毒基因组RNA 5′端序列的快速扩增（5′-RACE）229

第17章　线状植物病毒概论232

17.1　马铃薯Y病毒科（Potyviridae）232

17.1.1　马铃薯Y病毒属（Potyvirus）235

17.1.2　大麦黄花叶病毒属（Bymovirus）242

17.1.3　甘薯病毒属（Ipomovirus）242

17.1.4　桑橙病毒属（Macluravirus）242

17.1.5　黑麦草花叶病毒属（Rymovirus）243

17.1.6　小麦花叶病毒属（Tritimovirus）243

17.2　马铃薯X病毒属相似病毒（“Potex-like”viruses）243

17.2.1　马铃薯X病毒属（Potexvirus）243

17.2.2　香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）246

17.2.3　葱属X病毒属（Allexivirus）248

17.2.4　凹陷病毒属（Foveavirus）249

17.3　发形病毒属（Capillovirus）250

17.4　纤毛病毒属（Trichovirus）251

17.5　葡萄病毒属（Vitivirus）251

17.6　长线形病毒科（Closteroviridae）251

17.6.1　长线形病毒属（Closterovirus）252

17.6.2　毛形病毒属（Crinivirus）253

17.6.3　热休克蛋白70类似蛋白254

17.7　一些病毒编码蛋白的主要功能254

17.7.1　外壳蛋白（coat protein,CP）254

17.7.2　复制酶（replicase）255

17.7.3　运动蛋白（movement protein,MP）255

17.7.4　辅助蛋白（auxiliary protein）256

附录Ⅰ：本研究测定的重要植物病毒序列262

附录Ⅱ：本研究发表的主要论文378

附录Ⅲ：本研究获得的资助385